用Gaussian计算分子动力学力场中原子电荷问题

nxh9681 · 发表于 Post on 2018-5-4 16:43:29

想用Gaussian计算MD中的力场，用了M062X/6-311G* opt计算的乙烷分子，但计算的Mulliken电荷与文献值的偏差比较大，文献中给的C原子电荷为0.006，H原子电荷为-0.002；而我自己计算得到的C原子电荷是-0.405，H原子电荷是0.135。请问是哪里不合理呢？计算分子力场中原子的电荷是否就是量化算出来的Mulliken电荷？谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2018-5-5 01:03:38

nxh9681 发表于 2018-5-5 00:31
感谢sob老师！还有一个问题，用于计算电荷是必须要加弥散函数吗？

完全没这说
用Mulliken、SCPA等方法加了弥散函数结果还完全没法用。2L提及的文章已经强调了这点。

nxh9681 · 发表于 Post on 2018-5-5 00:31:41

sobereva 发表于 2018-5-4 18:47
Mulliken电荷极为不适合分子动力学模拟，如2L提到的我的文章中的数据所示，它对分子表面静电势重现性很烂， ...

感谢sob老师！还有一个问题，用于计算电荷是必须要加弥散函数吗？

nxh9681 · 发表于 Post on 2018-5-5 00:30:39

让你变成回忆发表于 2018-5-4 16:49
http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml
这是sob写的一篇关于原子电荷对比的论文。 ...

感谢，我好好拜读一下

sobereva · 发表于 Post on 2018-5-4 18:47:56

Mulliken电荷极为不适合分子动力学模拟，如2L提到的我的文章中的数据所示，它对分子表面静电势重现性很烂，注定没法较好描述原子间静电相互作用。

而且Mulliken电荷对计算级别，特别是基组非常敏感。若文献中不是用的M062X/6-311G* ，你和文献值差异很大极为正常。而且，就算都是同一个级别，若几何结构不同，结果也会不同。

计算之前一定要看2L提到的文章了解基本原子电荷的常识。

适合用什么电荷也和你用的力场有关系，3L提到了一些，至少绝对不能用对分子表面静电势重现性烂的。

fhh2626 · 发表于 Post on 2018-5-4 17:31:15

Amber力场的电荷是HF/6-31G*下的RESP电荷
CHARMM力场的电荷是通过拟合TIP3P与有机分子相互作用能得到的
OPLS-AA力场的电荷为1.14*CM1A或者1.14*CM1A-LBCC

让你变成回忆 · 发表于 Post on 2018-5-4 16:49:01

本帖最后由让你变成回忆于 2018-5-4 16:56 编辑

http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml
这是sob写的一篇关于原子电荷对比的论文。可以仔细看看。
你在论坛里一搜“原子电荷”，出来一大堆都是你可以看的。

用于有机小分子的MD模拟，RESP电荷用得比较多~

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