能量计算与结构稳定性问题

luoj17 · 发表于 Post on 2018-5-22 15:47:17

请教各位前辈几个问题。有两个分子量1000，含CHON元素，含苯环和三嗪杂环的大环化合物A和B，是一对同分异构体，观察到一定情况下，A会向B转化，我想证明这种转化是热力学控制的。用Gaussian 09在b3lyp/6-31g*下进行了opt+freq计算（初始结构是用二者的晶体结构导入的，且计算出结果与原结构很接近），最后比较二者能量（sum of electronic and thermal free energies）,结果B能量确实比A低4千卡左右。这样是否能说明转化是热力学控制的？方法基组选择合适吗？PS：由于主业是有机，可能不经意间会犯些低级错误，问题可能比较初级，往各位前辈不吝赐教。最好能推荐些相关研究的文献，万分感谢。

niobium · 发表于 Post on 2018-5-22 20:52:03

什么溶剂？不考虑溶剂的话我觉得是可以的，当然，如果优化完了把基组放大一点算单点会更好一些

luoj17 · 发表于 Post on 2018-5-22 20:56:57

本帖最后由 luoj17 于 2018-5-23 08:42 编辑

niobium 发表于 2018-5-22 20:52
什么溶剂？不考虑溶剂的话我觉得是可以的，当然，如果优化完了把基组放大一点算单点会更好一些

谢谢回复。这个转化在氯仿，乙腈，DMSO中都可以进行，标准条件是乙腈。我试过用6-311算频率就太慢了，算了几周都没算完，我就放弃了。请问我选择的那个能量项合理吗。

luoj17 · 发表于 Post on 2018-5-22 21:00:42

niobium 发表于 2018-5-22 20:52
什么溶剂？不考虑溶剂的话我觉得是可以的，当然，如果优化完了把基组放大一点算单点会更好一些

如果算在乙腈中的能量的话，该怎么加关键字把溶剂效应考虑进去。

agent99 · 发表于 Post on 2018-5-23 04:56:59

luoj17 发表于 2018-5-22 07:00
如果算在乙腈中的能量的话，该怎么加关键字把溶剂效应考虑进去。

SCRF(solvent=acetonitrile)

luoj17 · 发表于 Post on 2018-5-23 09:47:02

niobium 发表于 2018-5-22 20:52
什么溶剂？不考虑溶剂的话我觉得是可以的，当然，如果优化完了把基组放大一点算单点会更好一些

谢谢回复。抱歉昨天没看明白您的回复。您的意思是说直接用这个小基组优化出来的结构单独用大基组算单点能然后直接比较单点能大小？能推荐下相关文献给吗，计算能量比较同分异构体稳定性的文献。

niobium · 发表于 Post on 2018-5-23 10:13:22

luoj17 发表于 2018-5-23 09:47
谢谢回复。抱歉昨天没看明白您的回复。您的意思是说直接用这个小基组优化出来的结构单独用大基组算单点能 ...

http://sobereva.com/327

luoj17 · 发表于 Post on 2018-5-23 11:41:42

niobium 发表于 2018-5-23 10:13
http://sobereva.com/327

谢谢，受益匪浅，我再想想。

sobereva · 发表于 Post on 2018-5-23 12:39:15

对于Gaussian用户，你这样的体系计算自由能，建议B3LYP-D3/6-31G*优化和振动分析，单点用B3LYP-D3或贵一些的M06-2X结合6-311G*（如果计算量还有富余，基组用TZVP）

直接用B3LYP/6-31G*算的自由能太糙了

luoj17 · 发表于 Post on 2018-5-23 14:10:23

本帖最后由 luoj17 于 2018-5-23 16:52 编辑

sobereva 发表于 2018-5-23 12:39
对于Gaussian用户，你这样的体系计算自由能，建议B3LYP-D3/6-31G*优化和振动分析，单点用B3LYP-D3或贵一些 ...

我试试，谢谢sob老师。

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