请教关于配体解离的分子动力学模拟

brothers

最近做了个实验，发现加热过程可以促进催化剂活性中心上配体的解离过程。现在想通过分子模拟手段来模拟这一过程，实在不知道怎么入手，烦请有经验的同学指教一下

假设活性中心为[PdCl4]2-，为了获得配合空位，需要解离掉一个Cl-。
通过把催化剂加热到500K可以实现这个过程。
现在就是想模拟上述过程，不知道应该怎样做呢？用什么软件和方法最合适呢？
谢谢大家~
查了半天文献，实在没找到相关的......非常感谢！！

sobereva

做从头算动力学，比如Gaussian里用BOMD或ADMP结合DFT来做。但是非常耗时，体系稍微一大了就跑不动。也可以考虑先基于PM6半经验方法做做试试，速度快两个数量级。基于分子力场没法搞。

brothers

行家一出手，就知有没有~~谢谢sob，我查查看

遇到难题再来请教~~

brothers

sobereva 发表于 2015-4-26 22:21
做从头算动力学，比如Gaussian里用BOMD或ADMP结合DFT来做。但是非常耗时，体系稍微一大了就跑不动。也可以 ...

sob老师，按照您的指点，我现在已经用ADMP做了些计算，遇到了一些疑问，希望能再指点一下，谢谢~
所模拟的体系做了极大简化，结构如  L1-M-L2   的配合物，其中M为过渡金属，L1、L2为配体，希望通过加热将L2除去。用PM6和DFT分别优化了结构，然后跑ADMP，0.1fs，3500步
1、初始核动能的设定是否有什么指导思想？理论上对我的结果会否造成影响？我用PM6跑了两个，发现0.1Ha和0.001Ha结果没什么差别啊；
2、初始结构，可否用DFT的优化机构来跑PM6的ADMP？抑或是必须是相同理论水平的结构来跑ADMP？
3、restart参数似乎只能继续中断的计算，比如3000步，跑到2000步断掉的可以继续restart。但是如果跑了3000步，则不能通过在输入文件里提高步数来restart了。那么请问是否可以用guess=read geom=allcheck来读取3000步的chk文件，然后续算呢？若继续算3000步，那么跟从头直接算到6000步会否有区别？
4、ADMP可以设定压力，默认为1Bar。请问是指什么气体环境呢？可否修改？我在试验中发现气体环境（如水蒸气）对结果有明显影响，不知道如何能够反映到计算中？
5、若在3000步的时候L2解离了，但是5000步的时候又连上了，出现了键的震荡，这种情况说明键并未解离？ 那么这种震荡的结果中，M-L2变长时候的结果可否用来说明L2有脱离的趋势？还是说，必须M-L2长得不可逆了才真正可靠呢？


若有些问题太low，请见谅。非常感谢~~

brothers

另外，若想把每一步计算得到的键长，即M-L2读取出来，可否通过gview实现？

brothers

刚刚试了一下guess=read geom=allcheck，好像跟直接一直计算到底的结果完全不一样

sobereva

brothers 发表于 2015-4-28 14:17
另外，若想把每一步计算得到的键长，即M-L2读取出来，可否通过gview实现？

点这个，然后就可以把指定的几何变量在轨迹中的变化绘制出来。

sobereva

1 核动能和温度正相关，会影响结果的。
2 没有这个要求，初始结构不需要很精确，也没必要非得和轨迹计算在同一级别下优化。
3 光靠guess=read geom=allcheck不行。因为续算的话，还必须读取速度等信息。虽然可以新建如输入文件并且在输入文件里写入之前最后一步的速度，但不一定这样就能精确续跑。可以咨询高斯客服。
4 压力设定没有意义，只影响热力学数据输出而已，不会影响轨迹。因为高斯在计算时把周围环境是当成真空处理的（除非用了隐式溶剂模型）。要考虑水蒸气就必须在计算时把水分子画出来，考察水分子怎么和体系在微观上作用，然后再推测如何体现在宏观上，但这就比较麻烦了。
5 只要出现一次解离，而且确实原子已经离得较远了，就可以说解离了。但解离也分程度，像你的情况解离得大抵不算彻底，如果温度很高，动能很大，即便碰巧再次连上，过不多久也应该又解离了。

brothers

非常感谢，我再研究研究~~

14xlliu

你好，我想问一下，你是用已知的500K去模拟它解离过程，还是没有设定温度来模拟这整个动力学过程，求得500K下的是该配合物的解离温度从而与实验相对应？