Gaussian中溶剂名的等价写法

sobereva · 发表于 Post on 2018-8-9 13:21:44

Gaussian中用scrf=solvent=x定义溶剂的时候，以下每一行的写法是等价的，因此可以挑简单的、便于记忆的形式写
Water H2O
Acetonitrile CH3CN
Methanol CH3OH
Ethanol CH3CH2OH
DiethylEther Ethylether Ether
Dichloromethane MethyleneChloride CH2Cl2
DiChloroEthane 1,2-DiChloroEthane CH2ClCH2Cl
CarbonTetraChloride CCl4
Benzene C6H6
Toluene C6H5CH3
ChloroBenzene C6H5Cl
NitroMethane CH3NO2
Heptane n-Heptane
CycloHexane C6H12
Aniline C6H5NH2
Acetone CH3COCH3
TetraHydroFuran THF
DiMethylSulfoxide DMSO CH3SOCH3
n-Octanol 1-Octanol

ABetaCarw · 发表于 Post on 2018-8-9 18:15:59

这里要批评一下xtb 不认water只认h2o

Shine剪水 · 发表于 Post on 2018-8-9 20:18:35

ABetaCarw 发表于 2018-8-9 18:15
这里要批评一下xtb 不认water只认h2o

这里批评没有用呀

Xian · 发表于 Post on 2021-7-14 14:30:12

老师，我们实验中用到HEPES和水的混合物作为溶剂，如果想用SMD模型，那么这个solvent怎么选择呢？是需要自己定义吗？还有就是溶质为金属配合物，如果明确知道这个金属离子的配位数，而且有水参与配位，那么是不是可以将显式水分子溶剂和隐式溶剂结合起来用呢？非常感谢。

HEPES (4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid) is a zwitterionic sulfonic acid buffering agent，这个是HEPES的成分（C8H18N2O4S）。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-7-14 15:41:17

Xian 发表于 2021-7-14 07:30
老师，我们实验中用到HEPES和水的混合物作为溶剂，如果想用SMD模型，那么这个solvent怎么选择呢？是需要自 ...

水是不是远多于HEPES？如果是的话，那么用水就行了。如果金属配合物和HEPES有配位，那么计算需要显式考虑配位的HEPES。如果知道实验浓度下HEPES水溶液的介电常数，可以先设定水为溶剂，再把介电常数改成HEPES溶液的实验值，比单纯设定水会好一点，但可能其实也好不了太多

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-14 16:24:10

混合溶剂的设置这里明确说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）

如果计算的模型考虑了配位的溶剂，已经相当于用了显式溶剂模型了。此时肯定还要同时用隐式溶剂模型。几乎没有单独只用显式溶剂模型的。

Xian · 发表于 Post on 2021-7-14 18:34:28

wzkchem5 发表于 2021-7-14 15:41
水是不是远多于HEPES？如果是的话，那么用水就行了。如果金属配合物和HEPES有配位，那么计算需要显式考虑 ...

水和HEPES的比例是多少我得跟做实验的同学确定一下。一般认为HEPES不会配位，但是水是有可能配位的。谢谢你的建议，我去试一下

Xian · 发表于 Post on 2021-7-14 18:36:37

sobereva 发表于 2021-7-14 16:24
混合溶剂的设置这里明确说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327 ...

谢谢老师，刚刚把计算溶解自由能的文章仔细读了一遍，已经大概有个数了，我按照说明去操作一下

qinqin123 · 发表于 Post on 2022-6-4 11:39:01

本帖最后由 qinqin123 于 2022-6-4 11:49 编辑

sobereva 发表于 2021-7-14 16:24
混合溶剂的设置这里明确说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327 ...

老师：你给的链接里面参数使n n25 a b r 介电常数等，末尾的关键词如何对应？比如H2O和CH3CN的eps指什么？水没有HBondAcidity和HBondBasicity，末尾如何写关键词
eps=11.5
epsinf=2.0449
HBondAcidity=0.229
HBondBasicity=0.265
SurfaceTensionAtInterface=61.24
CarbonAromaticity=0.12
ElectronegativeHalogenicity=0.24

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-5 10:06:18

qinqin123 发表于 2022-6-4 11:39
老师：你给的链接里面参数使n n25 a b r 介电常数等，末尾的关键词如何对应？比如H2O和CH3CN的eps指什么 ...

eps显然是静态介电常数
水在SMD里是特殊的存在，看SMD原文

vverawei · 发表于 Post on 2023-4-1 17:02:18

sobereva 发表于 2022-6-5 10:06
eps显然是静态介电常数
水在SMD里是特殊的存在，看SMD原文

老师，请问正己烷的溶剂该如何设置呀？

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-2 04:35:05

vverawei 发表于 2023-4-1 17:02
老师，请问正己烷的溶剂该如何设置呀？

看手册里的溶剂名列表

orange-C · 发表于 Post on 2023-4-14 20:37:52

sobereva 发表于 2022-6-5 10:06
eps显然是静态介电常数
水在SMD里是特殊的存在，看SMD原文

老师，请问溶剂是顺式二苯乙烯该如何设置啊？百度上查到它的介电常数是2.85，是不是就是那个eps?文献中看到它的动态介电常数是2.62，就是那个epsinf。那剩下其他的应该是多少呀？看了高斯16的手册没有提到顺式二苯乙烯这个东西(Z)-1,2-Diphenylethylene/cis-stilbene

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-15 00:37:27

orange-C 发表于 2023-4-14 20:37
老师，请问溶剂是顺式二苯乙烯该如何设置啊？百度上查到它的介电常数是2.85，是不是就是那个eps?文献中看 ...

不要在本群里提百度这么low的东西

google上搜，找看起来可信、靠谱的来源。

orange-C · 发表于 Post on 2023-4-15 14:47:52

sobereva 发表于 2023-4-15 00:37
不要在本群里提百度这么low的东西

google上搜，找看起来可信、靠谱的来源。

好的谢谢老师，受教了。在网上找不到其他信息了，想请教一下还能怎么解决？

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[Gaussian/gview] Gaussian中溶剂名的等价写法

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