统计某种离子一定范围内的水分子个数

ruanyang · 发表于 Post on 2015-5-19 09:30:36

大家好，我想请教一个VMD脚本的问题！我想利用此脚本得到LI离子3.5埃距离内的水分子的个数！我写了一个脚本，但是不能输出个数，只能输出被选择的原子的serial，我的目的是输出每一帧中被选中的水分子个数！同时我不确定我的脚本是不是按照帧数更新的，特地在这请教各位，谢谢！

set numFrame [molinfo top get numframes]
molinfo top set frame 0
set out [open ry.txt w]
for {set i 0} {$i < $numFrame} {incr i} {
set hnumber [atomselect top "same resid as (resname SOL and within 3.5 of resname LI)"]
set a [$hnumber get serial]
puts $out $a
$hnumber frame $i
$a frame $i
}
close $out

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fhh2626 · 发表于 Post on 2015-5-19 10:20:34

set hnumber [atomselect top "noh and (same resid as (resname SOL and within 3.5 of resname LI))"]
set a [$hnumber num]

这样就行了

ruanyang · 发表于 Post on 2015-5-19 10:42:22

谢谢您的回复，你在atomselect top 中的 noh 指的是只选中水中的氧原子是吧！

ruanyang · 发表于 Post on 2015-5-19 10:56:30

很感激你的帮助，虽然解决了个数的问题，我一共是5002，但是这个脚本没有循环起来！只得到第一帧的数据

fhh2626 · 发表于 Post on 2015-5-19 11:46:20

ruanyang 发表于 2015-5-19 10:56
很感激你的帮助，虽然解决了个数的问题，我一共是5002，但是这个脚本没有循环起来！只得到第一帧的数据

set hnumber [atomselect top "noh and (same resid as (resname SOL and within 3.5 of resname LI)) frame $i"]
这样试试

如果不行的话加上hnumnber $update

ruanyang · 发表于 Post on 2015-5-19 14:18:05

您好，我将脚本进行了修改，现在能输出5002个数据了，但是输出的数据都是第0帧的数44，我不清楚那个地方还需要修改

set numFrame [molinfo top get numframes]
set out [open ry.txt w ]
for {set i 0} {$i < $numFrame} {incr i} {
set hnumber [atomselect top "(noh same resid as (resname SOL and within 3.5 of resname LI))"]
$hnumber update
set a [$hnumber num]
puts $out $a
}
close $out

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sobereva · 发表于 Post on 2015-5-19 16:44:58

ruanyang 发表于 2015-5-19 14:18
您好，我将脚本进行了修改，现在能输出5002个数据了，但是输出的数据都是第0帧的数44，我不清楚那个地方还 ...

应该写set hnumber [atomselect top "(noh same resid as (resname SOL and within 3.5 of resname LI))" frame $i]
此时就不需要$hnumber update了

或者，每次循环用
$hnumber frame $i
$hnumber update
这样set hnumber [atomselect...只需要最初做一次即可，不用每个循环重做一遍

ruanyang · 发表于 Post on 2015-5-19 18:17:40

谢谢Sob老师和 fhh2626的解答，问题完美解决，附上正确的脚本！

set numFrame [molinfo top get numframes]
set out [open ry.txt w ]
for {set i 0} {$i < $numFrame} {incr i} {
set hnumber [atomselect top "(noh same resid as (resname SOL and within 3.5 of resname LI))"]
$hnumber frame $i
$hnumber update
set a [$hnumber num]
puts $out $a
}
close $out

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[VMD] 统计某种离子一定范围内的水分子个数

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