CP2K优化后的晶胞怎么在MS中重建

莫落 · 发表于 Post on 2019-1-15 22:20:05

优化晶体结构前，在MS里先make P1，然后存为.cor文件，然后调整格式存为.xyz文件，优化时设置对称性并保持对称性，这样所有的原子坐标都有了；
用SCC DFTB(D3校正)方法进行结构优化；原子数78（我在想是不是太小了？）

很快收敛，将优化好结构存成.xyz文件,导入MS中后按优化好的晶格参数按P1空间群重建，总是出现问题，很多原子都挤到一起了。

请问用CP2K优化后的晶胞怎么在MS里重建呢？

mizuchi · 发表于 Post on 2019-1-16 00:40:16

If I read correctly, you need to reconstruct a cell after a CP2K run. It is not a simple procedure, first you need to prepare a minimal .cif by hand writing all the lattice parameters and Cartesian coordinates (_atom_site_Cartn_x) obtained from CP2K. Second, convert coordinates of this .cif into fractional via, say, openbabel or Avogadro as its graphical interface (just open .cif and save it). On the next step the cell symmetry needs to be restored. Open .cif containing fractional coordinates in PLATON and add symmetry (if present):

$ platon -o name.cif
> CALC ADDSYM SHELX

Now construct a new .cif:

$ platon -C name_pl.res

.cif is a universal format, so you will be able to alter it with your favorite tools.
If someone knows an easier way, please, post it.

莫落 · 发表于 Post on 2019-1-17 16:30:10

mizuchi 发表于 2019-1-16 00:40
If I read correctly, you need to reconstruct a cell after a CP2K run. It is not a simple procedure, ...

Thank you for your interpretation. I find another way to construct the cell.
First, for the cell to be optimized, make symmetry P1 and save as .cif file.
Second, to construct the optimized cell, using the software Chemcraft to convert the Cartesian coordinates into fractional coordinates with the optimized lattice parameters.
Then, edit the .cif file using lattice parameters and fractional coordinates, and import it to MS, rebuild the crystal.

hewei5148 · 发表于 Post on 2019-7-22 21:40:57

莫落发表于 2019-1-17 16:30
Thank you for your interpretation. I find another way to construct the cell.
First, for the cell ...

你好，我也在使用CP2K，在经过你的第二步之后，第三步还是在Chemcraft软件中进行吗？

youyno · 发表于 Post on 2019-7-23 10:22:22

输出的时候以pdb格式输出，会保留晶胞信息，去最后一帧放到MS里面，直接build一下，晶胞参数都不用自己填

hewei5148 · 发表于 Post on 2019-7-23 18:50:25

youyno 发表于 2019-7-23 10:22
输出的时候以pdb格式输出，会保留晶胞信息，去最后一帧放到MS里面，直接build一下，晶胞参数都不用自己填

已经成功导出，谢谢回复

hawelfa · 发表于 Post on 2019-12-12 23:24:37

youyno 发表于 2019-7-23 10:22
输出的时候以pdb格式输出，会保留晶胞信息，去最后一帧放到MS里面，直接build一下，晶胞参数都不用自己填

非常感谢您提供如此简便的方法,想请教一下,在inp文件添加什么代码能以pdb格式输出?

王子子 · 发表于 Post on 2020-9-1 11:35:38

我可以问一下，在cp2k中，你们最后是怎么导入导出的呀

，我也遇到这个问题了，还不会解决，导出在ms重构晶胞时，原子团在一起了额

啊这就离谱 · 发表于 Post on 2021-11-25 20:30:49

hewei5148 发表于 2019-7-23 18:50
已经成功导出，谢谢回复

想请教一下是怎么以pdb格式输出的呀？

bblovelp · 发表于 Post on 2021-11-25 23:44:58

啊这就离谱发表于 2021-11-25 20:30
想请教一下是怎么以pdb格式输出的呀？

&MOTION
......
   &PRINT
      &TRAJECTORY
               FORMAT PDB
      &END TRAJECTORY
   &END PRINT

啊这就离谱 · 发表于 Post on 2021-11-26 15:12:21

bblovelp 发表于 2021-11-25 23:44
&MOTION
......
&PRINT

感谢大佬，已经按照这个方式搞定了

yydy · 发表于 Post on 2021-12-27 18:34:20

啊这就离谱发表于 2021-11-26 15:12
感谢大佬，已经按照这个方式搞定了

问一下，1.这个pdb文件要用什么软件打开？导出的文件还是没有晶格边界
2.如何把最后一帧导出？

wolfli369 · 发表于 Post on 2021-12-27 19:05:06

https://www.bilibili.com/video/B ... id_from=333.999.0.0

yfmabc · 发表于 Post on 2022-6-20 22:03:45

youyno 发表于 2019-7-23 10:22
输出的时候以pdb格式输出，会保留晶胞信息，去最后一帧放到MS里面，直接build一下，晶胞参数都不用自己填

我把cp2k的.pdb文件导入到了MS中，但是不能build，请问是什么原因呢？

啊这就离谱 · 发表于 Post on 2022-8-5 03:00:30

yydy 发表于 2021-12-27 18:34
问一下，1.这个pdb文件要用什么软件打开？导出的文件还是没有晶格边界
2.如何把最后一帧导出？

1.VMD打开, 命令行输入 pbc box
2.VMD切换到最后一帧保存为新文件

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