求助，伞状采样画自由能曲线，最后曲线急剧升高，不平衡，怎么处理？

sakura

直方图看过了，没什么问题。

fhh2626

自由能曲线就是直方图算出来的，直方图和自由能曲线是一回事，直方图“没问题”自由能曲线就该“没问题”

sakura

fhh2626 发表于 2019-2-20 17:28
自由能曲线就是直方图算出来的，直方图和自由能曲线是一回事，直方图“没问题”自由能曲线就该“没问题”

那这条曲线怎么解释？

k64_cc

首先自己说没问题不一定就是真没问题。最好把overlapping发上来看一眼，万一你不知道什么是有问题，岂不是白费事。

你这个问题的第一种可能是后面数据不足，这个没什么办法，加window加bias吧。
第二种可能是没well sampled，你把thermostat换langevin，再加数据，看能不能降下来。
第三种可能是它就应该是这样，建议回家反思人品。

sakura

k64_cc 发表于 2019-2-21 11:34
首先自己说没问题不一定就是真没问题。最好把overlapping发上来看一眼，万一你不知道什么是有问题，岂不是 ...

谢谢，我计算该晶体另一个面的自由能的时候，曲线平衡的很好。
到了这个面，相同的条件，就变成这个样子了。

hdmd

通过这两个图可以看出，转化过程没问题（至少在你给出的部分），是胶束分离还是跨越 孔道？或者其他过程，反应坐标是什么，采样值是什么，偏置力如何设置的，有没有可能这个过程就是这样的？

k64_cc

sakura 发表于 2019-2-21 14:32
谢谢，我计算该晶体另一个面的自由能的时候，曲线平衡的很好。
到了这个面，相同的条件，就变成这个样子 ...

你有没有觉得2.0左右贼不均匀…

要是峰的shift比较大，建议加bias让它别太偏。虽然理论上没影响，但是峰偏离bias中心点太多的话，需要的数据量是真的多…

k64_cc

sakura 发表于 2019-2-21 14:32
谢谢，我计算该晶体另一个面的自由能的时候，曲线平衡的很好。
到了这个面，相同的条件，就变成这个样子 ...

话说你PMF倒是做error bar啊……

sakura

k64_cc 发表于 2019-2-21 15:37
话说你PMF倒是做error bar啊……

曲线不好，就没算偏差。

sakura

hdmd 发表于 2019-2-21 15:29
通过这两个图可以看出，转化过程没问题（至少在你给出的部分），是胶束分离还是跨越 孔道？或者其他过程， ...

是，从晶体表面拉出一个离子，计算自由能。这是这个晶体另一个表面的自由能曲线

wasngsimin

我想问一下计算用伞状抽样+WHAM计算PMF时需要分子动力学软件提供给WHAM什么信息呢？

霜晨月

借楼请教下，用伞形采样算PMF，做error bar是必需的吗？error bar该怎么做，是不是要平行跑2~3个repeat（设定不同的初始速度种子数）？@k64_cc @fhh2626


另外，Amber里面怎么做5楼的这种overlapping图，这个应该是各个窗口的概率密度曲线重叠在一起，gmx wham可以自动给出这个，Amber里面没找到这种工具，是不是得自己写个小程序

k64_cc

霜晨月 发表于 2020-1-13 20:08
借楼请教下，用伞形采样算PMF，做error bar是必需的吗？error bar该怎么做，是不是要平行跑2~3个repeat（设 ...

跑不少于3组，算误差。

做overlapping确实得自己写……读CV，画直方图，把所有window的数据都画一起。

霜晨月

k64_cc 发表于 2020-1-15 11:53
跑不少于3组，算误差。

做overlapping确实得自己写……读CV，画直方图，把所有window的数据都画一起。

哦哦，谢谢。
这样说来工作量翻了三倍啊

k64_cc

霜晨月 发表于 2020-1-15 15:23
哦哦，谢谢。
这样说来工作量翻了三倍啊

2020年了，弄个显卡，好像还行？或者也可以bootstrap，但是需要的总数据量不变。

http://membrane.urmc.rochester.edu/?page_id=126

他们的wham工具带了这个功能，具体看文档