Amber 混合溶剂填充盒子的问题

azero · 发表于 Post on 2019-3-22 09:43:53

打算用H2O2+H2O混合溶剂填充蛋白模型的盒子,
建立了一个H2O2+H2O的单元,平衡,保存pdb
然后amber 填充
H2O2sov = loadpdb H2O2sov.pdb
solvatebox protein H2O2sov 10

发现溶液间有间隙
然后用链接中off格式的有机溶剂小单元填充我的蛋白没间隙
http://www.ub.edu/cbdd/?q=content/organic-solvent-boxes
于是保存为off

tleap
source leaprc.protein.ff14SB
source leaprc.gaff
source leaprc.water.tip3p
loadamberparams MOL.frcmod
loadoff MOL.lib
H2O2sov = loadpdb H2O2sov.pdb
saveoff H2O2sov H2O2sov.off
quit

填充后依然有间隙, 请问该如何正确保存off,或者有没其他消除间隙的方法,谢谢~

tingguang · 发表于 Post on 2019-3-22 10:42:11

间隙无所谓吧。固定蛋白质，做一段平衡动力学，溶剂应该能调整好。

azero · 发表于 Post on 2019-3-22 11:02:12

本帖最后由 azero 于 2019-3-22 11:05 编辑

tingguang 发表于 2019-3-22 10:42
间隙无所谓吧。固定蛋白质，做一段平衡动力学，溶剂应该能调整好。

那固定蛋白平衡, 溶剂的"厚度"会不会变小, 担心影响 pbc

tingguang · 发表于 Post on 2019-3-22 11:06:14

如果你怕溶剂没办法充分包裹蛋白质，初始时多加些溶剂即可

sobereva · 发表于 Post on 2019-3-22 12:20:29

从你当前的图来看，NPT的MD跑起来，让溶剂自发包紧蛋白质之后，蛋白质和盒子边缘仍然会有足够大距离，不用担心
记得MD一开始先把蛋白质限制住，否则由于有的地方接触溶剂有的不接触，蛋白质容易出问题

lonemen · 发表于 Post on 2019-3-22 16:54:50

sobereva 发表于 2019-3-22 12:20
从你当前的图来看，NPT的MD跑起来，让溶剂自发包紧蛋白质之后，蛋白质和盒子边缘仍然会有足够大距离，不用 ...

嗯嗯，记下了

azero · 发表于 Post on 2019-3-24 11:25:13

tingguang 发表于 2019-3-22 11:06
如果你怕溶剂没办法充分包裹蛋白质，初始时多加些溶剂即可

恩, 好的, 谢谢你~

azero · 发表于 Post on 2019-3-24 11:25:56

sobereva 发表于 2019-3-22 12:20
从你当前的图来看，NPT的MD跑起来，让溶剂自发包紧蛋白质之后，蛋白质和盒子边缘仍然会有足够大距离，不用 ...

谢谢Sob老师, 我会注意这一点~

sun877469558 · 发表于 Post on 2023-2-3 16:22:08

您好！请问第一步混合溶剂填充蛋白模型的盒子，如何建立单元，比如我需要40%的甲醇水溶液，那在建立单元的时候，随机放置4个甲醇分子和6个水分子保存pdb。然后再按照类似这个“H2O2sov = loadpdb H2O2sov.pdb
solvatebox protein H2O2sov 10”，就可以了么？

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