求助：OPLS力场没有合适的磷氮参数怎么办？

万年流星 · 发表于 Post on 2019-4-2 15:33:58

制作拓扑文件时在OPLS力场查找不到环三磷腈中磷原子的合适参数，最终整个分子的电荷不为零，在文献中也很难找到参数，求问该怎么处理？谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-2 17:30:39

有没有力场参数和分子电荷是否为0是两码事，净电荷是原子电荷的加和，就算没有合适的力场参数照样可以算合适的原子电荷

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-4-2 17:40:24

万年流星 · 发表于 Post on 2019-4-2 20:07:01

sobereva 发表于 2019-4-2 17:30
有没有力场参数和分子电荷是否为0是两码事，净电荷是原子电荷的加和，就算没有合适的力场参数照样可以算合 ...

请问sob老师，如果净电荷不为零，接下来该怎么用gromacs进行模拟

万年流星 · 发表于 Post on 2019-4-2 21:06:32

fhh2626 发表于 2019-4-2 17:40
http://zarbi.chem.yale.edu/ligpargen/

感谢解答，刚试过这个了，净电荷还是不为零

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-4-2 22:07:52

万年流星发表于 2019-4-2 21:06
感谢解答，刚试过这个了，净电荷还是不为零

ligpargen电荷不是自己设置的吗？你设成0还能给一个别的值？

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-3 04:59:34

万年流星发表于 2019-4-2 20:07
请问sob老师，如果净电荷不为零，接下来该怎么用gromacs进行模拟

你自己算原子电荷就完了
OPLS-AA力场适合用1.20*CM5电荷，用Multiwfn产生CM5电荷之后手动乘上1.2即可。加和和你做量化计算时候的电荷设定是一样的。

万年流星 · 发表于 Post on 2019-4-3 09:59:21

sobereva 发表于 2019-4-3 04:59
你自己算原子电荷就完了
OPLS-AA力场适合用1.20*CM5电荷，用Multiwfn产生CM5电荷之后手动乘上1.2即可。 ...

sob老师，我现在是先用xtb进行构象搜索，用获得的最优结构获得top文件，然后用gromacs进行模拟，按您说的用Multiwfn产生CM5电荷是怎么个操作流程，新手不是太了解，勿怪哈

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-3 10:28:39

万年流星发表于 2019-4-3 09:59
sob老师，我现在是先用xtb进行构象搜索，用获得的最优结构获得top文件，然后用gromacs进行模拟，按您说的 ...

更多信息看
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167

万年流星 · 发表于 Post on 2019-4-3 10:30:25

fhh2626 发表于 2019-4-2 22:07
ligpargen电荷不是自己设置的吗？你设成0还能给一个别的值？

使用1.14*CM1A 1 方法确实电荷基本为零了，不过有点疑问，生成的是否为OPLS-UA力场，我想使用OPLS-AA

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-3 10:36:42

万年流星发表于 2019-4-3 10:30
使用1.14*CM1A 1 方法确实电荷基本为零了，不过有点疑问，生成的是否为OPLS-UA力场，我想使用OPLS-AA

...

看是否存在非极性氢就知道是UA还是AA

万年流星 · 发表于 Post on 2019-4-3 12:23:30

sobereva 发表于 2019-4-3 10:36
看是否存在非极性氢就知道是UA还是AA

谢谢sob老师

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 求助：OPLS力场没有合适的磷氮参数怎么办？