分子模拟径向分布函数求助

星空DMU · 发表于 Post on 2019-4-18 18:41:36

我研究的是高分子水溶液在二氧化硅表面的吸附，跑完MD模拟后，设置二氧化硅里的氧原子为set1，水溶液里的氢原子为set2，分析RDF，得到的却是连续的小杂峰，这是什么原因啊？

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-4-19 01:00:12

你算RDF用的轨迹帧数太少了吧

wbn · 发表于 Post on 2019-4-19 01:51:46

如果你统计的是所有的SiO2中的O原子和H2O中的H原子，那么显然应该是一条逐渐上升的曲线... 这种情况应该统计水分子在z方向的分布

星空DMU · 发表于 Post on 2019-4-19 08:24:39

fhh2626 发表于 2019-4-19 01:00
你算RDF用的轨迹帧数太少了吧

我一共就30帧，，，用了30帧，另一个，是得用平衡之后的帧数吧

星空DMU · 发表于 Post on 2019-4-19 08:25:20

wbn 发表于 2019-4-19 01:51
如果你统计的是所有的SiO2中的O原子和H2O中的H原子，那么显然应该是一条逐渐上升的曲线... 这种情况应该统 ...

您说的是水分子在Z方向的径向分布函数还是浓度分布？

wbn · 发表于 Post on 2019-4-19 10:33:49

星空DMU 发表于 2019-4-19 08:25
您说的是水分子在Z方向的径向分布函数还是浓度分布？

密度分布

星空DMU · 发表于 Post on 2019-4-19 13:52:50

wbn 发表于 2019-4-19 10:33
密度分布

请问是用Forcite模块中的密度分析功能分析平衡后的.xtd轨迹文件吗？

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-4-19 16:02:43

星空DMU 发表于 2019-4-19 08:24
我一共就30帧，，，用了30帧，另一个，是得用平衡之后的帧数吧

30帧有点噪声是正常的

sdf · 发表于 Post on 2021-8-13 10:39:36

您好，我想请问一下您，您的sio2结构是怎么获得的了，可以能量优化吗？我试了好多都不可以能量优化，以至于后面计算不可以进行，所以想询问一下您。

sdf · 发表于 Post on 2021-8-13 10:40:43

您好，我想请问一下您，您的sio2结构是怎么获得的了，可以能量优化吗？我试了好多都不可以能量优化，以至于后面计算不可以进行，所以想询问一下您。

jiajh · 发表于 Post on 2021-8-13 18:04:44

横坐标单位是什么

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[Material Studio] 分子模拟径向分布函数求助