VMD怎么统计MD后产物的分子类型和分子数？

莫落 · 发表于 Post on 2019-4-25 10:24:03

如题，做完热分解，最烦的就是统计每种产物的数目了，不知道vmd中有没有相应的脚本可以统计各个分子的类型和数目？

ddls2017 · 发表于 Post on 2019-4-25 10:32:04

同求！我也刚问了。

，麻烦楼主得手后分享一下，

mol · 发表于 Post on 2019-4-25 10:42:36

铜球

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-25 12:24:28

自己根据实际情况想个算法，写个tcl脚本，几十行足矣搞定

莫落 · 发表于 Post on 2019-4-25 14:00:43

sobereva 发表于 2019-4-25 12:24
自己根据实际情况想个算法，写个tcl脚本，几十行足矣搞定

社长，能不能提供一些简单的思路？例如统计一下CO2的数量
不太熟悉Tcl脚本
谢谢了！

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-26 02:56:25

莫落发表于 2019-4-25 14:00
社长，能不能提供一些简单的思路？例如统计一下CO2的数量
不太熟悉Tcl脚本
谢谢了！

诸如循环每个碳，计算距离它比如1.6埃内氧的数目，如果正好是2，累加变量就加1

赤松子 · 发表于 Post on 2019-4-26 08:44:25

同求

goosebay · 发表于 Post on 2021-9-27 11:04:28

请问一下ms中的gulp模块热解后是否可以得到热解产物的统计信息

莫落 · 发表于 Post on 2021-9-27 21:32:44

goosebay 发表于 2021-9-27 11:04
请问一下ms中的gulp模块热解后是否可以得到热解产物的统计信息

MS里应该很好统计，MS里有模块可以直接调用

goosebay · 发表于 Post on 2021-9-28 08:50:07

莫落发表于 2021-9-27 21:32
MS里应该很好统计，MS里有模块可以直接调用

请问可以给个思路吗？我鼓捣了好久也不知道gulp模块热解后怎么进行小分子的统计，gulp analysis里没找到相关的功能。我看用lammps的好像都是自己写脚本来统计，不过对于ms用起来都比较吃力的我来说感觉太复杂了。谢谢大佬解答

xinxinup · 发表于 Post on 2021-9-28 09:05:48

本帖最后由 xinxinup 于 2021-9-28 20:09 编辑

Lammps自带的fix reax/c/species可以统计产物种类

莫落 · 发表于 Post on 2021-10-5 10:24:14

goosebay 发表于 2021-9-28 08:50
请问可以给个思路吗？我鼓捣了好久也不知道gulp模块热解后怎么进行小分子的统计，gulp analysis里没找到 ...

MS里有assign molecules的功能，根据其成键判据调用一下，就能得到体系了所用分子的分子式了

腾飞 · 发表于 Post on 2021-12-5 22:49:19

goosebay 发表于 2021-9-28 08:50
请问可以给个思路吗？我鼓捣了好久也不知道gulp模块热解后怎么进行小分子的统计，gulp analysis里没找到 ...

请问你找到方法了吗，我也遇到了同样的问题。

zdc · 发表于 Post on 2022-10-18 11:01:10

莫落发表于 2021-10-5 10:24
MS里有assign molecules的功能，根据其成键判据调用一下，就能得到体系了所用分子的分子式了

你好，我在MS教程中看到AssignMolecules功能是自动将分子分配给文件中的片段，给的示例是用这个功能创建了一个分子结构，请问怎么做到让它统计已有文件里的分子组分和含量呢？

wangqian123 · 发表于 Post on 2023-4-24 21:02:45

xinxinup 发表于 2021-9-28 09:05
Lammps自带的fix reax/c/species可以统计产物种类

那输出之后，如何进行绘图呢，比如说绘制基团数量随时间的变化

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[VMD] VMD怎么统计MD后产物的分子类型和分子数？