求助，进行低共熔溶剂模拟时的一些问题

模拟小菜鸟 · 发表于 Post on 2019-5-7 10:39:28

请问老师，我在使用Gromacs跑完低共熔溶剂的模拟后，可以测出它的低共熔点以及电导率吗？期待Sob老师的解答

sobereva · 发表于 Post on 2019-5-7 11:36:51

电导率没法算
共熔点可以模拟

模拟小菜鸟 · 发表于 Post on 2019-5-7 12:22:29

谢谢老师，请问共熔点是怎么模拟呢

sobereva · 发表于 Post on 2019-5-9 09:03:13

模拟小菜鸟发表于 2019-5-7 12:22
谢谢老师，请问共熔点是怎么模拟呢

逐渐升温，看什么时候开始熔了

模拟小菜鸟 · 发表于 Post on 2019-5-10 15:08:52

请问老师，我设置了从0升温到303K，在这个过程中，我要怎么看熔点呢

sobereva · 发表于 Post on 2019-5-10 16:35:30

模拟小菜鸟发表于 2019-5-10 15:08
请问老师，我设置了从0升温到303K，在这个过程中，我要怎么看熔点呢

没必要从0开始
从明显低于预计的共熔点温度开始，比如每提升5K跑一次动力学。根据扩散系数或者轨迹动画判断什么温度熔了

模拟小菜鸟 · 发表于 Post on 2019-5-10 20:09:52

谢谢老师的解答，我自己来模拟试试看

模拟小菜鸟 · 发表于 Post on 2019-5-14 19:39:23

sobereva 发表于 2019-5-10 16:35
没必要从0开始
从明显低于预计的共熔点温度开始，比如每提升5K跑一次动力学。根据扩散系数或者轨迹动画 ...

请问老师，什么样的扩散常数曲线能说明开始熔了呢？而且扩散常数的横坐标是时间，我怎么样能知道开始熔的温度呢？谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2019-5-14 20:30:39

模拟小菜鸟发表于 2019-5-14 19:39
请问老师，什么样的扩散常数曲线能说明开始熔了呢？而且扩散常数的横坐标是时间，我怎么样能知道开始熔的 ...

诸如每隔5K跑一次，初始坐标和速度使用比它低一级温度的最后一帧的情况。每个温度模拟时先经过一定时间的平衡相，然后对产生相轨迹计算扩散常数。然后考察扩散常数随模拟温度的变化判断。熔的话扩散常数应当明显高于没熔的情况。
对特定温度，扩散常数是一个数值，不是曲线，曲线是MSD曲线。

模拟小菜鸟 · 发表于 Post on 2019-5-15 08:59:33

谢谢sob老师的解答！

模拟小菜鸟 · 发表于 Post on 2019-5-26 16:43:09

sobereva 发表于 2019-5-14 20:30
诸如每隔5K跑一次，初始坐标和速度使用比它低一级温度的最后一帧的情况。每个温度模拟时先经过一定时间的 ...

请问老师，我在计算扩散常数时，如果+/-后面的值只是略小于D值，这样的数值合理吗？

sobereva · 发表于 Post on 2019-5-27 03:55:00

模拟小菜鸟发表于 2019-5-26 16:43
请问老师，我在计算扩散常数时，如果+/-后面的值只是略小于D值，这样的数值合理吗？

这样的数据可靠度太低

模拟小菜鸟 · 发表于 Post on 2019-5-27 08:18:32

sobereva 发表于 2019-5-27 03:55
这样的数据可靠度太低

请问老师有什么办法解决，来得到更好的数据吗？

sobereva · 发表于 Post on 2019-5-28 05:57:05

模拟小菜鸟发表于 2019-5-27 08:18
请问老师有什么办法解决，来得到更好的数据吗？

绘制MSD曲线，取MSD曲线比较平直的部分拟合扩散系数

模拟小菜鸟 · 发表于 Post on 2019-5-28 10:36:37

老师，我是这样做的，但是结果还是相差不大，基本上在一个数量级上

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