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[GROMACS] 求助,进行低共熔溶剂模拟时的一些问题

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请问老师,我在使用Gromacs跑完低共熔溶剂的模拟后,可以测出它的低共熔点以及电导率吗?期待Sob老师的解答

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发表于 Post on 2019-5-7 11:36:51 | 只看该作者 Only view this author
电导率没法算
共熔点可以模拟
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-7 12:22:29 | 只看该作者 Only view this author
谢谢老师,请问共熔点是怎么模拟呢

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发表于 Post on 2019-5-9 09:03:13 | 只看该作者 Only view this author
模拟小菜鸟 发表于 2019-5-7 12:22
谢谢老师,请问共熔点是怎么模拟呢

逐渐升温,看什么时候开始熔了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-10 15:08:52 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,我设置了从0升温到303K,在这个过程中,我要怎么看熔点呢

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发表于 Post on 2019-5-10 16:35:30 | 只看该作者 Only view this author
模拟小菜鸟 发表于 2019-5-10 15:08
请问老师,我设置了从0升温到303K,在这个过程中,我要怎么看熔点呢

没必要从0开始
从明显低于预计的共熔点温度开始,比如每提升5K跑一次动力学。根据扩散系数或者轨迹动画判断什么温度熔了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-10 20:09:52 | 只看该作者 Only view this author
谢谢老师的解答,我自己来模拟试试看

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-14 19:39:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-10 16:35
没必要从0开始
从明显低于预计的共熔点温度开始,比如每提升5K跑一次动力学。根据扩散系数或者轨迹动画 ...

请问老师,什么样的扩散常数曲线能说明开始熔了呢?而且扩散常数的横坐标是时间,我怎么样能知道开始熔的温度呢?谢谢老师

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发表于 Post on 2019-5-14 20:30:39 | 只看该作者 Only view this author
模拟小菜鸟 发表于 2019-5-14 19:39
请问老师,什么样的扩散常数曲线能说明开始熔了呢?而且扩散常数的横坐标是时间,我怎么样能知道开始熔的 ...

诸如每隔5K跑一次,初始坐标和速度使用比它低一级温度的最后一帧的情况。每个温度模拟时先经过一定时间的平衡相,然后对产生相轨迹计算扩散常数。然后考察扩散常数随模拟温度的变化判断。熔的话扩散常数应当明显高于没熔的情况。
对特定温度,扩散常数是一个数值,不是曲线,曲线是MSD曲线。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-15 08:59:33 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师的解答!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-26 16:43:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-14 20:30
诸如每隔5K跑一次,初始坐标和速度使用比它低一级温度的最后一帧的情况。每个温度模拟时先经过一定时间的 ...

请问老师,我在计算扩散常数时,如果+/-后面的值只是略小于D值,这样的数值合理吗?

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发表于 Post on 2019-5-27 03:55:00 | 只看该作者 Only view this author
模拟小菜鸟 发表于 2019-5-26 16:43
请问老师,我在计算扩散常数时,如果+/-后面的值只是略小于D值,这样的数值合理吗?

这样的数据可靠度太低
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sobereva 发表于 2019-5-27 03:55
这样的数据可靠度太低

请问老师有什么办法解决,来得到更好的数据吗?

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发表于 Post on 2019-5-28 05:57:05 | 只看该作者 Only view this author
模拟小菜鸟 发表于 2019-5-27 08:18
请问老师有什么办法解决,来得到更好的数据吗?

绘制MSD曲线,取MSD曲线比较平直的部分拟合扩散系数
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-28 10:36:37 | 只看该作者 Only view this author
老师,我是这样做的,但是结果还是相差不大,基本上在一个数量级上

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