用ONIOM优化计算激发态问题

liyuanfu7 · 发表于 Post on 2019-5-13 22:49:17

本帖最后由 liyuanfu7 于 2019-5-13 22:55 编辑

老师好，最近想用ONIOM（QM/MM）方法通过堆积方式计算发光材料分子的固态激发态性质。我先在mercury里面堆好分子，确保要研究的QM部分被MM部分完全包住。然后导出为.mol2格式，然后通过gview打开，通过atom groups 对其进行分层，将MM部分冻住，并将其电荷设为1，来优化的s0。
s1的计算是在#p opt oniom(b3lyp/6-31g(d)/Auto TD=(nstates=10):uff=qeq)=embedcharge geom=connectivity下进行计算的。问题是，同样的方法对于类似体系，得到的s1的输出结果文件不一样。

两个分子以及其各自的输出文件已在图片中上传，

为什么对于分子1就可以单独输出单重态的各个能级，但是对于分子2，为什么把三重态能级也输出了呢？这样不就没法算出绝热能级了吗？

sobereva · 发表于 Post on 2019-5-14 03:14:40

算第二个分子时当成了非限制性开壳层算的所致

/Auto根本就不能用于杂化泛函，去掉

注意qeq电荷并没法很好描述MM部分的原子对QM区域产生的静电作用，应当使用拟合静电势电荷。电荷设定可借助此文的工具
帮助设定Gaussian输入文件中优化flag和MM电荷的小工具
http://sobereva.com/332（http://bbs.keinsci.com/thread-3464-1-1.html）

tiandikuoyuan · 发表于 Post on 2019-7-18 12:33:53

sobereva 发表于 2019-5-14 03:14
算第二个分子时当成了非限制性开壳层算的所致

/Auto根本就不能用于杂化泛函，去掉

老师，请问一下拟合静电势电荷时还需要对分子结构（晶体数据中取出）进行优化吗，还是只要计算单点能就行？
另外，请问一下VMD如何选取中心分子，或者自己指定的分子；我在尝试自己的结构时通过residue 43选取的不是最中间的分子。
谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-18 21:52:39

tiandikuoyuan 发表于 2019-7-18 12:33
老师，请问一下拟合静电势电荷时还需要对分子结构（晶体数据中取出）进行优化吗，还是只要计算单点能就行 ...

优化氢原子，冻结重原子

看此视频
基于分子晶体cif文件抠出分子团簇结构
https://www.bilibili.com/video/av35864488/

tiandikuoyuan · 发表于 Post on 2019-7-19 08:21:37

sobereva 发表于 2019-7-18 21:52
优化氢原子，冻结重原子

看此视频

好的，谢谢老师

王采岑 · 发表于 Post on 2020-9-28 16:05:10

本帖最后由王采岑于 2020-9-28 17:01 编辑

您好，我有两个问题想要请教，如能回答，万分感谢。
1 #p opt oniom(b3lyp/6-31g(d)/Auto TD=(nstates=10):uff=qeq)=embedcharge geom=connectivity 这些关键词是用来优化S1并计算S1的10个激发态对吗？
2 Mercury堆分子，是使用了36位激活码激活后的功能吗？我没有online激活，似乎不能扩胞。

liyuanfu7 · 发表于 Post on 2020-10-5 10:18:48

王采岑发表于 2020-9-28 16:05
您好，我有两个问题想要请教，如能回答，万分感谢。
1 #p opt oniom(b3lyp/6-31g(d)/Auto TD=(nstates=10) ...

1.这些关键词是用来优化S1并计算10个单重态，并且，应该将/Auto去掉，它不能用于杂化泛函，上面社长已经提到啦。
2.mercury应该要激活才能用吧，你试着激活一下呢

王采岑 · 发表于 Post on 2020-10-8 16:41:01

本帖最后由王采岑于 2020-10-8 16:45 编辑

liyuanfu7 发表于 2020-10-5 10:18
1.这些关键词是用来优化S1并计算10个单重态，并且，应该将/Auto去掉，它不能用于杂化泛函，上面社长已经 ...

好的，十分感谢。我没有激活码，只是offline激活，有些功能不能用，不过我找到扩胞的地方了。
还有一个问题想请教，就是你计算的时候，已经优化好了S0，S1的计算是在优化好的S0基础上，又优化计算激发态吗？我是在优化好了的S0的基础上，直接计算的S1，没有优化，比文献结果小了0.8eV。看了你的帖子之后，优化计算S1，结果小的更大。想问S1计算激发能时，需要优化吗？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-10-8 18:52:04

王采岑发表于 2020-10-8 16:41
好的，十分感谢。我没有激活码，只是offline激活，有些功能不能用，不过我找到扩胞的地方了。
还有一个 ...

取决于你的计算目的，如果是算吸收，不优化；如果是算发射，需要优化。
“比文献结果小0.8eV”的文献结果是实验，还是和你同样理论级别的计算，或者是和你理论级别不同的计算？

王采岑 · 发表于 Post on 2020-10-8 20:00:16

本帖最后由王采岑于 2020-10-8 20:27 编辑

wzkchem5 发表于 2020-10-8 18:52
取决于你的计算目的，如果是算吸收，不优化；如果是算发射，需要优化。
“比文献结果小0.8eV”的文献结 ...

同理论级别的计算
C:\Users\DELL\Desktop\屏幕截图 2020-10-08 195640
S0优化我用的# opt oniom(b3lyp/6-311g(d):uff=qeq)=embedcharge geom=connectivity。算S1和S3用的# oniom(td=(50-50,nstates=7)/b3lyp/6-311g(d):uff=qeq)=embedcharge geom=connectivity
计算结果和文献结果差距还挺大的，不知道哪里出了问题。增大MM层的分子数后，结果差的反而更大了。
然后现在正在尝试换成拟合静电势电荷，但是我觉得就算qeq描述的没那么好，也不至于差这么大吧

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-10-8 22:37:28

王采岑发表于 2020-10-8 20:00
同理论级别的计算

S0优化我用的# opt oniom(b3lyp/6-311g(d):uff=qeq)=embedcharge geom=connectivity ...

你的前线轨道能级和形状和文献吻合得好吗？
很有意思的是你算的T1跟文献对得还可以，但S1差特别多，很少有什么因素能对S1影响那么大，却不太影响T1

王采岑 · 发表于 Post on 2020-10-9 15:49:18

wzkchem5 发表于 2020-10-8 22:37
你的前线轨道能级和形状和文献吻合得好吗？
很有意思的是你算的T1跟文献对得还可以，但S1差特别多，很少 ...

文章算的NTO，我还没算这个地方呢。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-10-9 16:12:55

王采岑发表于 2020-10-9 15:49
文章算的NTO，我还没算这个地方呢。

这个文献的全文有吗

王采岑 · 发表于 Post on 2020-10-10 14:49:49

wzkchem5 发表于 2020-10-9 16:12
这个文献的全文有吗

有的

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-10-11 11:50:12

王采岑发表于 2020-10-10 14:49
有的

你优化的分子结构和文献一致吗？
如果你初始结构里卤素和碳摆得太近，有一定概率卤素会和碳成共价键，而不是像文献这样成盐

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[Gaussian/gview] 用ONIOM优化计算激发态问题