计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 13768|回复 Reply: 7
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助,用gromacs跑完粗粒化的蛋白如何分析?

[复制链接 Copy URL]

25

帖子

0

威望

351

eV
积分
376

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
有用到过gmx rdf,gmx rms,gmx densmap和gmx rmsf……
想知道受体各残基与脂质的作用时长之类关于脂质与蛋白互作的分析应该从何入手呢?
类似于这种

找过很多教程,太分散了不知从何入手……求教各位大神…

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2019-7-1 11:42:41 | 只看该作者 Only view this author
写个VMD脚本,循环各个残基,用measure contacts检验残基与磷脂的接触情况,如果有接触,累加变量就加1。之后将接触次数乘上步长,做个柱状图就完了
虽然gmx里自带的一些工具诸如gmx distance、gmx pairdist之类的也可以做统计,但还不如写VMD脚本来得方便
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

25

帖子

0

威望

351

eV
积分
376

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-2 09:28:14 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 路过的一只 于 2019-7-2 09:44 编辑
sobereva 发表于 2019-7-1 11:42
写个VMD脚本,循环各个残基,用measure contacts检验残基与磷脂的接触情况,如果有接触,累加变量就加1。之 ...

谢谢sob老师的解答~!请问老师这种脚本有类似的示例吗?

376

帖子

0

威望

2758

eV
积分
3134

Level 5 (御坂)

尊贵的地三鲜骑士

4#
发表于 Post on 2019-7-2 10:19:44 | 只看该作者 Only view this author
路过的一只 发表于 2019-7-2 09:28
谢谢sob老师的解答~!请问老师这种脚本有类似的示例吗?

你去参加培训,脚本多得是
由衷的感谢每一位给与过我帮助的人

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2019-7-2 10:39:13 | 只看该作者 Only view this author
路过的一只 发表于 2019-7-2 09:28
谢谢sob老师的解答~!请问老师这种脚本有类似的示例吗?

没有恰好现成的,怎么写也不是几句话说得清楚的

如4L所说,北京科音分子动力学与GROMACS培训里会提供好几十个VMD脚本例子,并具体介绍怎么编写,效仿着很快就能写出来

自学脚本编写的话,看VMD的user guide,有VMD内置的命令介绍以及几个脚本例子,需要举一反三。至于Tcl语法可以看这个自学http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=157&highlight=tcl,有编程基础的话两三个小时就能基本学会
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

25

帖子

0

威望

351

eV
积分
376

Level 3 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-2 18:53:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-2 10:39
没有恰好现成的,怎么写也不是几句话说得清楚的

如4L所说,北京科音分子动力学与GROMACS培训里会提供 ...

我是有想法参加科音的培训来着!就是时间没赶上,下次好像得明年上半年了?好的老师,我先试着看看这个网页。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2019-7-2 23:01:53 | 只看该作者 Only view this author
路过的一只 发表于 2019-7-2 18:53
我是有想法参加科音的培训来着!就是时间没赶上,下次好像得明年上半年了?好的老师,我先试着看看这个网 ...

下一届预计明年刚开始,春节之前
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

62

帖子

0

威望

1127

eV
积分
1189

Level 4 (黑子)

8#
发表于 Post on 2022-7-26 21:29:41 | 只看该作者 Only view this author
老师,针对脂质和蛋白contact这个问题我写了个tcl脚本;想计算每一帧每一个residue的接触,画成二维图,但是很容易算了几帧就奔溃了,麻烦老师看看。

contact_726.tcl

788 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 4

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-24 14:45 , Processed in 0.189575 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list