请教GMX和VMD中计算分子数密度分布结果不一致的问题

高朋满座 · 发表于 Post on 2019-7-15 13:15:40

各位老师，我分别用了GMX和VMD里面的density的工具，统计了轨迹文件y方向线性小分子的数密度分布，选取了相同的帧数范围和盒子划分精度。发现盒子内部的分布很接近，但边界附近差别很大，这是什么原因，我应该哪种结果呢？谢谢各位老师指点！
PS：感觉VMD的统计结果是合适的。

图1

图2 Gromacs结果

图3 VMD结果

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-15 19:37:25

如果模拟过程中你用VDW显示的分子一直没有跑到盒子边缘区域的话，VMD的统计应该没错，但你用gmx density得到的曲线应当不是gmx density命令本身问题，而是没用对所致。

DOUKUN · 发表于 Post on 2021-12-8 19:01:29

请教楼主，你vmd的density曲线是怎么做出来的，用tcl脚本吗

yyyyu · 发表于 Post on 2024-4-20 17:43:28

DOUKUN 发表于 2021-12-8 19:01
请教楼主，你vmd的density曲线是怎么做出来的，用tcl脚本吗

请问知道vmd的density图是怎么画的了吗

2022025475 · 发表于 Post on 2024-5-9 22:41:17

yyyyu 发表于 2024-4-20 17:43
请问知道vmd的density图是怎么画的了吗

有公开的VMD插件和脚本可以实现，可以参考下这篇 https://doi.org/10.1016/j.cpc.2013.08.022

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