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[GROMACS] 求助:Gromacs安装cmake一直报错找不到文件

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本帖最后由 a617788816 于 2019-8-26 16:40 编辑

我是Gromacs初学者,在安装Gromacs的时候cmake一直报错,源目录找不到文件,不知道如何解决,已经先安装了fftw3.3.8,gromacs是2019.3的版本,请各位大神帮忙解答

VirtualBox_centos_26_08_2019_16_37_47.png (252.53 KB, 下载次数 Times of downloads: 38)

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发表于 Post on 2019-8-22 00:17:33 | 只看该作者 Only view this author
严格照着这个装,文中的命令有空格的地方不能省,看清楚空格
GROMACS的安装方法(含全程视频演示)
http://sobereva.com/457http://bbs.keinsci.com/thread-11821-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-8-22 08:03:39 | 只看该作者 Only view this author
你可以 whereis cmake 先找一下 系统里有没有cmake  有的话 再加到环境变量里就行了。
由衷的感谢每一位给与过我帮助的人

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-22 10:14:28 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 a617788816 于 2019-8-22 10:19 编辑
sobereva 发表于 2019-8-22 00:17
严格照着这个装,文中的命令有空格的地方不能省,看清楚空格
GROMACS的安装方法(含全程视频演示)
http: ...

我按照您之前的帖子 http://bbs.keinsci.com/thread-43-1-1.html
安装cmake,因为我的版本查看了是2.8的,但是显示安装没成功,不知道是什么问题, 因为我是user用户安装,就用了您之前的方法
图片我添加了,请sob老师帮我看一下

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发表于 Post on 2019-8-22 11:45:14 | 只看该作者 Only view this author
a617788816 发表于 2019-8-22 10:14
我按照您之前的帖子 http://bbs.keinsci.com/thread-43-1-1.html
安装cmake,因为我的版本查看了是2.8的 ...

找管理员要个root密码装公共目录下,要么编译cmake在make install前指定成安装在自己的私有路径下
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-22 13:10:32 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 a617788816 于 2019-8-22 17:25 编辑
sobereva 发表于 2019-8-22 11:45
找管理员要个root密码装公共目录下,要么编译cmake在make install前指定成安装在自己的私有路径下

请问这个代码要怎么打呢?在make install前面要怎么加?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-23 10:28:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-22 11:45
找管理员要个root密码装公共目录下,要么编译cmake在make install前指定成安装在自己的私有路径下

sob老师,安装cmake在自己的指定路径的代码要怎么打啊?能指导一下吗

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发表于 Post on 2019-8-23 14:55:04 | 只看该作者 Only view this author
a617788816 发表于 2019-8-23 10:28
sob老师,安装cmake在自己的指定路径的代码要怎么打啊?能指导一下吗

GROMACS的安装方法(含全程视频演示)
http://sobereva.com/457http://bbs.keinsci.com/thread-11821-1-1.html

此文第1节里已增加cmake编译和指定安装路径的方法
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-23 21:20:19 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 a617788816 于 2019-8-24 18:26 编辑

sob老师,在安装CUDA toolkit的过程中出现报错,安装过程完全按照官网上的指令,图片如上,不知道是不是我选的下载类型有问题,帖子中未提到下载哪个,所以我自己选择了rpm network,sob老师您帮忙看看是什么原因报错

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-26 16:42:35 | 只看该作者 Only view this author

sob老师,我在安装Gromacs的过程中没有报错,用的是MPI和AVI_256,也填写了source,但是最后出来看GMX版本却显示没这个命令,这是怎么回事?装没装进去?情况如上图

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发表于 Post on 2019-8-27 00:42:52 | 只看该作者 Only view this author
装OpenMPI干嘛,难道要跨节点?
连安装视频都录了,没法说得更清楚了
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