IGM原文Figure7中sign(lambda2)rho大于0区域为什么也标注为氢键？

风起时想你 · 发表于 Post on 2019-10-17 10:30:54

IGM原文，Figure 7 中 sign(lambda2)rho数值小于0区域是氢键，大于0区域不应该是位阻作用吗？怎么也标注为氢键？

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-17 21:04:19

因为填色等值面图上看并没有位阻作用区域，那个地方电子密度又大，只能算是氢键作用区域
在lambda2接近于0的区域，sign(lambda2)是正是负其实没有实质性区别

风起时想你 · 发表于 Post on 2019-10-18 09:29:58

sobereva 发表于 2019-10-17 21:04
因为填色等值面图上看并没有位阻作用区域，那个地方电子密度又大，只能算是氢键作用区域
在lambda2接近于0 ...

感谢老师的解答

陈小北 · 发表于 Post on 2020-1-13 14:34:11

sobereva 发表于 2019-10-17 21:04
因为填色等值面图上看并没有位阻作用区域，那个地方电子密度又大，只能算是氢键作用区域
在lambda2接近于0 ...

Sob老师好

按您的帖子里面的内容，我已经做了体系对应的IGM图，但是审稿人说这个是定性分析，问体系之间的弱相互作用能不能做到定量分析，或者是两个不同的体系弱相互作用的比较能不能做到定量化，想请教一下您这个有办法吗？

非常感谢

Peter_zhong · 发表于 Post on 2020-1-13 15:15:05

你看是不是这个：http://bbs.keinsci.com/thread-16033-1-1.html里面提到做能量分解。

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-13 20:52:18

陈小北发表于 2020-1-13 14:34
Sob老师好

按您的帖子里面的内容，我已经做了体系对应的IGM图，但是审稿人说这个是定性分析，问体系之 ...

AIM分析至少对于氢键强度能定量横向对比，看
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513（http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html）

基于力场也可以考察局部相互作用对总作用能的贡献：
使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析
http://sobereva.com/442（http://bbs.keinsci.com/thread-10907-1-1.html）

如果不是要分解为局部相互作用，只需要考虑分子间整体相互作用，照常算结合能就完了，如果对本质也要考虑可以用SAPT
使用PSI4做对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解计算
http://sobereva.com/526（http://bbs.keinsci.com/thread-15902-1-1.html）

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