castep结构优化后出现原子消失

战泽天

各位老师好，我在用MS castep模块进行结构优化然后能量计算时发现一个很奇怪的现象，结构优化时结构还是正常的，如图一，但把结构优化后的结构再投入能量计算时发现有部分原子消失了（如图2），或者将display style先改成in cell，再改成default，也是这种情况。想请教造成这种现象的可能原因是什么呢？

卡开发发

消失正常啊，边界上重复的原子就不显示了啊。

战泽天

卡开发发 发表于 2019-10-21 12:22
消失正常啊，边界上重复的原子就不显示了啊。

明白了，谢谢卡卡老师。再请教您一个问题，我现在在很多文献中看到用第一性原理计算过渡态，进而得到原子在固体中的扩散系数的，但没有分子的，请问用过渡态理论可以计算分子在固体中的扩散系数吗？比如氢气分子

卡开发发

战泽天 发表于 2019-10-21 21:30
明白了，谢谢卡卡老师。再请教您一个问题，我现在在很多文献中看到用第一性原理计算过渡态，进而得到原子 ...

原子和分子应该并没有什么显著差别，原理上可以这样做。

战泽天

卡开发发 发表于 2019-10-21 22:44
原子和分子应该并没有什么显著差别，原理上可以这样做。

好的，谢谢卡卡老师的指导

卡开发发

战泽天 发表于 2019-10-21 22:46
好的，谢谢卡卡老师的指导

要做扩散的话格子可能还得再大点。

战泽天

卡开发发 发表于 2019-10-21 23:01
要做扩散的话格子可能还得再大点。

抱歉，卡卡老师，这几天一直没有上网站，没看您的消息。这个格子大是根据什么判断的呢？我一直都是用之前师兄做吸附的结构，没有考虑过这个问题

卡开发发

战泽天 发表于 2019-10-26 08:50
抱歉，卡卡老师，这几天一直没有上网站，没看您的消息。这个格子大是根据什么判断的呢？我一直都是用之前 ...

尽量避免扩散的粒子间有相互作用即可。

战泽天

卡开发发 发表于 2019-10-26 11:22
尽量避免扩散的粒子间有相互作用即可。

明白了。再请教您一个关于结构优化的问题，我在fine的精度下进行结构优化，虽然并没有收敛，但得到一个相对优化的结构，我用这个结构调整参数重新优化，跟用之前完全没有优化的结构相比，可以节省优化时间吗？

卡开发发

战泽天 发表于 2019-10-26 11:35
明白了。再请教您一个关于结构优化的问题，我在fine的精度下进行结构优化，虽然并没有收敛，但得到一个相 ...

看调整哪些参数，有些可以节省，有些反而不行。

战泽天

卡开发发 发表于 2019-10-26 14:08
看调整哪些参数，有些可以节省，有些反而不行。

想要把cut-off energy提高一些，从400eV调到500eV，然后把SCF tolerance 降低，从1.0e-6调到5.0e-6,调整这两个参数的话可以节省时间吗？

卡开发发

战泽天 发表于 2019-10-26 14:27
想要把cut-off energy提高一些，从400eV调到500eV，然后把SCF tolerance 降低，从1.0e-6调到5.0e-6,调整 ...

可以这么做，但效果怎样我不好说。

战泽天

卡开发发 发表于 2019-10-26 16:09
可以这么做，但效果怎样我不好说。

好的

PESPES

有没有能显示的方法啊？

寻找Medusa

卡开发发 发表于 2019-10-21 12:22
消失正常啊，边界上重复的原子就不显示了啊。

卡卡老师，做吸附的时候出现这种情况还能再继续进行计算吗