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[GROMACS] 分子模拟轨迹的重复性问题求助

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对于gmx执行分子模拟得到轨迹的重复性有三个疑问:
1.mdp文件中的gen-seed设为-1,执行多次grompp产生一系列tpr文件,mdrun这一系列tpr文件是不是会得到一系列不同的轨迹?2.同一个tpr文件,在同一台机器上重复多次mdrun后得到的轨迹相同吗?
3.同一个tpr文件,在不同机器上mdrun后得到的轨迹相同吗?
谢谢!

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发表于 Post on 2019-11-23 06:46:06 | 只看该作者 Only view this author
不会相同,此文说了
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88

在gmx 2019手册里搜Reproducibility你就会知道怎么使得每次模拟都相同

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-24 14:31:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-23 06:46
不会相同,此文说了
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88

谢谢Sob老师的答疑,链接内容说的非常具体了。如果是第2种情形,即“同一个tpr文件,在同一台机器上重复多次mdrun”,如果硬件不出错,是不是有可能得到完全一致的轨迹呢?

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发表于 Post on 2019-11-25 19:48:12 | 只看该作者 Only view this author
jimulation 发表于 2019-11-24 14:31
谢谢Sob老师的答疑,链接内容说的非常具体了。如果是第2种情形,即“同一个tpr文件,在同一台机器上重复 ...

显然得看用的算法有没有牵扯到随机数,有没有用并行计算,有没有用reprod选项等
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-11-25 21:25:10 | 只看该作者 Only view this author
为什么非得用一样得轨迹,多取几组数据取平均不是更加准确嘛?
由衷的感谢每一位给与过我帮助的人

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-26 20:31:50 | 只看该作者 Only view this author
少年爱吃地三鲜 发表于 2019-11-25 21:25
为什么非得用一样得轨迹,多取几组数据取平均不是更加准确嘛?

提问是因为单纯的不懂和好奇呀

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-26 20:32:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-25 19:48
显然得看用的算法有没有牵扯到随机数,有没有用并行计算,有没有用reprod选项等

谢谢Sob老师

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发表于 Post on 2024-11-28 10:00:19 | 只看该作者 Only view this author
少年爱吃地三鲜 发表于 2019-11-25 21:25
为什么非得用一样得轨迹,多取几组数据取平均不是更加准确嘛?

你好,请问我想多取几组数据取平均,是不是用“同一个tpr文件,在同一台机器上重复多次mdrun”的结果去取平均?

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