求助关于charmm力场中br的力场的选取

shenq · 发表于 Post on 2019-12-16 20:43:15

本帖最后由 shenq 于 2019-12-17 09:42 编辑

各位老师，我在做表面活性剂的模拟。查文献后[张岩, 祝新哲, 孟琪, et al. 分子模拟十六烷基三甲基溴化铵对石油污染物在粗糙石英砂表面脱附的影响[J]. 化工进展, 2018, 37(12):415-421.]想使用CHARMM36力场，但是在charmm的力场文件里并没有找到有关于Br离子的参数，只有以下几个有关br的参数，想问一下是从中选取呢，还是说溴应该使用别的力场参数？

BRGA1    79.90400 ; BRET, bromoethane
BRGA2    79.90400 ; DBRE, 1,1-dibromoethane
BRGA3    79.90400 ; TBRE, 1,1,1-dibromoethane
BRGR1    79.90400 ; BROB, bromobenzene

文献内容

sobereva · 发表于 Post on 2019-12-16 22:49:51

贴图方式不对，看不到你的图，注意修改。传图的方法看置顶的新社员必读贴

CHARMM没有适合Br离子的，你提到的那个几个都是共价键相连的Br。可以用OPLS-AA，溴离子用opls_402描述

shenq · 发表于 Post on 2019-12-17 09:39:09

本帖最后由 shenq 于 2019-12-17 09:43 编辑

sobereva 发表于 2019-12-16 22:49
贴图方式不对，看不到你的图，注意修改。传图的方法看置顶的新社员必读贴

CHARMM没有适合Br离子的，你提 ...

感谢sobereva老师！
图片已修正。
那么也是说在矿物+ctma这种情况下，使用clayff+oplsaa力场比使用claff+charmm36力场更算一个正确的选择？

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-12-17 10:44:38

shenq 发表于 2019-12-17 09:39
感谢sobereva老师！
图片已修正。
那么也是说在矿物+ctma这种情况下，使用clayff+oplsaa力场比使用claf ...

矿物的话有近年来发表的INTERFACE力场

Br离子用* J. Chem. Theory Comput., 2015, 11 (4), pp 1645–1657就挺好

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