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[综合交流] 求助如何使用Truhlar或Grimme的方法对低频的进行校正

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我最近有一篇论文的审稿意见里有一条是要求使用Truhlar或者Grimme的方法对低频进行校正。

我查了一下,这两种做法大概是这样,Truhlar近似是基于将所有低于截止值的频率设置为该截止值(比如将100 cm-1以下的频率都设定为100 cm-1)。
Grimme近似是对较低频率使用刚性转子近似(rigid rotor approximation ),而对其余频率则使用armonic近似。

不知道是有方法可以实现Truhlar或者Grimme的校正方法?望不吝赐教。

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发表于 Post on 2020-2-5 05:44:58 | 只看该作者 Only view this author
Truhlar的做法原理明显不如Grimme的理想,但是从实际角度来说也没大问题

用Shermo可以实现,见程序主页http://sobereva.com/soft/shermo和介绍文章:
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html


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发表于 Post on 2021-1-23 16:10:28 | 只看该作者 Only view this author
有一个相关问题,我在优化/计算频率(B3PW91D3(BJ)/6-31G*)和单点能(B3PW91D3(BJ)/def2TZVP)都是在溶剂模型(SMD,THF)下进行过渡金属催化机理研究。请问这一情况,校正后的自由能是否可用?应该如何处理?低频振动校正在什么情况下才是必需?谢谢!

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发表于 Post on 2021-1-23 18:16:12 | 只看该作者 Only view this author
cmso 发表于 2021-1-23 16:10
有一个相关问题,我在优化/计算频率(B3PW91D3(BJ)/6-31G*)和单点能(B3PW91D3(BJ)/def2TZVP)都是在溶剂模型( ...

自由能可用,但内能、焓和熵等原则上不可用。
这个问题与低频校正无关,即使不做低频校正也存在这个问题,原因是溶剂化自由能不能按G=H-TS拆成焓和熵的贡献,一般量化程序把这个自由能直接加到电子能上面,得到的结果虽然程序也称之为能量,但实际上既不是能量,也不是自由能,是一个不伦不类的东西。但是如果把Gibbs自由能校正加上,得到的总数确实是溶剂中的总自由能,所以自由能仍然是可用的。
Zikuan Wang
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2021-1-24 00:32:53 | 只看该作者 Only view this author
明白了,谢谢!

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发表于 Post on 2023-4-22 10:59:46 | 只看该作者 Only view this author
刚性转子近似就是自由转子吗

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发表于 Post on 2023-4-22 14:51:40 | 只看该作者 Only view this author
davi 发表于 2023-4-22 03:59
刚性转子近似就是自由转子吗

刚性和自由是两码事,刚性转子指的是分子在旋转过程中形状不变化(尤其是不因为旋转的离心力而膨胀),自由转子指的是分子在旋转过程中不被临近的分子和基团阻挡
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2023-4-22 15:02:38 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-4-22 14:51
刚性和自由是两码事,刚性转子指的是分子在旋转过程中形状不变化(尤其是不因为旋转的离心力而膨胀),自 ...

老师,我不知道我的理解对不对。刚性、受阻、自由转子是针对分子转动提出来的,谐振子和非谐振子是针对分子内原子的振动而提出来的

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发表于 Post on 2023-4-22 15:17:24 | 只看该作者 Only view this author
davi 发表于 2023-4-22 08:02
老师,我不知道我的理解对不对。刚性、受阻、自由转子是针对分子转动提出来的,谐振子和非谐振子是针对分 ...

不是的,分子内振动也有受阻/自由的概念。例如乙烷的二面角旋转,原则上属于一种振动而非转动,因为重叠构象能量高于交叉构象,所以旋转受到一定阻碍,但阻碍不多,所以可以把甲基处理成受阻转子。但是一般而言,分子内振动不会是完全自由的,只有受阻多和受阻少的区别。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2023-4-22 15:29:54 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-4-22 15:17
不是的,分子内振动也有受阻/自由的概念。例如乙烷的二面角旋转,原则上属于一种振动而非转动,因为重叠 ...

那老师,非谐振具体是什么呢?我在网上了解到一些校正,比如频率因子校正、准刚性简谐校正、柔性扫描受阻转子校正、Gaussian内置受阻转子校正,构象校正方法,能否具体讲一讲呢?

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发表于 Post on 2023-4-22 16:01:27 | 只看该作者 Only view this author
davi 发表于 2023-4-22 08:29
那老师,非谐振具体是什么呢?我在网上了解到一些校正,比如频率因子校正、准刚性简谐校正、柔性扫描受阻 ...

仔细看以下几篇文章,以及这几篇文章引用的文献
doi: 10.1063/1.1824881
doi: 10.1039/d1sc00621e
doi: 10.1063/1.473664
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Zikuan Wang
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发表于 Post on 2023-4-22 16:03:09 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-4-22 16:01
仔细看以下几篇文章,以及这几篇文章引用的文献
doi: 10.1063/1.1824881
doi: 10.1039/d1sc00621e

感谢老师

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