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[GROMACS] Gromacs中mdp文件关于vdw对长程色散校正如何使用?

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本帖最后由 a617788816 于 2020-2-7 15:19 编辑

最近在写mdp文件,关于Gromacs中,vdw中对长程色散校正的使用不是很清楚,在sob老师的贴中有提到量化计算中对DFTD3校正的使用,关于在动力学中这个校正什么情况下使用,有分别对压力和能量的校正。望各位老师解答

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发表于 Post on 2020-2-7 23:34:13 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wuzhiyi 于 2020-2-7 23:35 编辑

LJ里分为两项 ^-6 和 ^-12 其中-6的那项就是色散力“长程”可以用LJ-PME

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发表于 Post on 2020-2-8 05:01:54 | 只看该作者 Only view this author
基于经典力场的分子动力学程序里的色散修正和DFT-D3为代表的量化里的色散校正八竿子打不着




北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-8 11:42:22 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 a617788816 于 2020-2-9 20:32 编辑

好的,谢谢sob老师
借这个帖子再向您请教一个问题
Gromacs跑离子液体动力学模拟中,关于看到“跑散”这个问题
对于这个跑散了,不清楚是什么意思。是分子跑出盒子吗?我使用周期性边界了,不会跑出去吧?
跑散是对团簇或者多个分子来说的吧,单个分子/离子,没有跑散这一说把
在别的帖子还提到了nvt/npt是否平衡如何判断。您提到大分子考察RMSD,其他一般考察密度,那离子液体我考察密度即可是吗?分子量只有几百,甚至更小..

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发表于 Post on 2020-2-10 07:09:05 | 只看该作者 Only view this author
a617788816 发表于 2020-2-8 11:42
好的,谢谢sob老师
借这个帖子再向您请教一个问题
Gromacs跑离子液体动力学模拟中,关于看到“跑散”这个 ...

提问时候不要“借帖子”
和主题无关的问题应当单独发帖
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-11-23 17:48:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-2-8 05:01
基于经典力场的分子动力学程序里的色散修正和DFT-D3为代表的量化里的色散校正八竿子打不着

sob老师好,您在 “关于4个mdp文件参数的疑惑,rlist 、rcoulomb 、 rvdw、coulombtype的选择”
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 2&fromuid=12956
提到( discorr = enerpres)“本来就用不着”
结合这儿您的ppt,是不是只要不关心体系的总范德华作用能,压力的时候就不需要 discorr = enerpres呢?
那么问题来了,跑NVT的话,啥时候需要关心体系的总范德华作用能呢?
如果模拟纳米管里的水(纳米管原子固定,管外是真空),需要 discorr = enerpres么?
如果不需要 discorr = enerpres,但加上了,算是错误么?
多谢提点~

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发表于 Post on 2020-11-27 18:01:39 | 只看该作者 Only view this author
bobosiji 发表于 2020-11-23 17:48
sob老师好,您在 “关于4个mdp文件参数的疑惑,rlist 、rcoulomb 、 rvdw、coulombtype的选择”
http:// ...

只要是凝聚相、均匀致密的盒子,MD一般都用enerpres,但如果力场里明确说不用enerpres就不用,而且如果rvdw较大也不需要用
模拟纳米管里的水这种问题,如果关心的是水的运动行为,enerpres用不用无所谓
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发表于 Post on 2023-5-10 10:37:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-27 18:01
只要是凝聚相、均匀致密的盒子,MD一般都用enerpres,但如果力场里明确说不用enerpres就不用,而且如果rv ...

sob老师,初学有许多不明白,请问什么力场可以不用enerpres,怎样判断rvdw是否较大呢?

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发表于 Post on 2023-5-10 22:18:04 | 只看该作者 Only view this author
winn 发表于 2023-5-10 10:37
sob老师,初学有许多不明白,请问什么力场可以不用enerpres,怎样判断rvdw是否较大呢?

看力场原文用的模拟条件
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发表于 Post on 2023-5-11 10:48:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-10 22:18
看力场原文用的模拟条件

谢谢sob老师解答,请问rvdw较大可根据什么标准判断吗?设置rvdw=1.2nm,这样能不再设色散校正吗?

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发表于 Post on 2023-5-11 12:37:22 | 只看该作者 Only view this author
winn 发表于 2023-5-11 10:48
谢谢sob老师解答,请问rvdw较大可根据什么标准判断吗?设置rvdw=1.2nm,这样能不再设色散校正吗?

通常1.4的时候校正就可以完全忽略不计了,1.0的话校正还有一定用处
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发表于 Post on 2023-5-11 16:35:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-11 12:37
通常1.4的时候校正就可以完全忽略不计了,1.0的话校正还有一定用处

谢谢sob老师的耐心解答!

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