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[GROMACS] Gromacs中mdp文件关于vdw对长程色散校正如何使用?

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发表于 2020-2-7 15:14:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 a617788816 于 2020-2-7 15:19 编辑

最近在写mdp文件,关于Gromacs中,vdw中对长程色散校正的使用不是很清楚,在sob老师的贴中有提到量化计算中对DFTD3校正的使用,关于在动力学中这个校正什么情况下使用,有分别对压力和能量的校正。望各位老师解答

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发表于 2020-2-7 23:34:13 | 显示全部楼层
本帖最后由 wuzhiyi 于 2020-2-7 23:35 编辑

LJ里分为两项 ^-6 和 ^-12 其中-6的那项就是色散力“长程”可以用LJ-PME

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发表于 2020-2-8 05:01:54 | 显示全部楼层
基于经典力场的分子动力学程序里的色散修正和DFT-D3为代表的量化里的色散校正八竿子打不着

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欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群:思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。合计6000人。两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入。
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 楼主| 发表于 2020-2-8 11:42:22 | 显示全部楼层
本帖最后由 a617788816 于 2020-2-9 20:32 编辑

好的,谢谢sob老师
借这个帖子再向您请教一个问题
Gromacs跑离子液体动力学模拟中,关于看到“跑散”这个问题
对于这个跑散了,不清楚是什么意思。是分子跑出盒子吗?我使用周期性边界了,不会跑出去吧?
跑散是对团簇或者多个分子来说的吧,单个分子/离子,没有跑散这一说把
在别的帖子还提到了nvt/npt是否平衡如何判断。您提到大分子考察RMSD,其他一般考察密度,那离子液体我考察密度即可是吗?分子量只有几百,甚至更小..

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发表于 2020-2-10 07:09:05 | 显示全部楼层
a617788816 发表于 2020-2-8 11:42
好的,谢谢sob老师
借这个帖子再向您请教一个问题
Gromacs跑离子液体动力学模拟中,关于看到“跑散”这个 ...

提问时候不要“借帖子”
和主题无关的问题应当单独发帖
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发表于 2020-11-23 17:48:49 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-2-8 05:01
基于经典力场的分子动力学程序里的色散修正和DFT-D3为代表的量化里的色散校正八竿子打不着

sob老师好,您在 “关于4个mdp文件参数的疑惑,rlist 、rcoulomb 、 rvdw、coulombtype的选择”
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 2&fromuid=12956
提到( discorr = enerpres)“本来就用不着”
结合这儿您的ppt,是不是只要不关心体系的总范德华作用能,压力的时候就不需要 discorr = enerpres呢?
那么问题来了,跑NVT的话,啥时候需要关心体系的总范德华作用能呢?
如果模拟纳米管里的水(纳米管原子固定,管外是真空),需要 discorr = enerpres么?
如果不需要 discorr = enerpres,但加上了,算是错误么?
多谢提点~

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发表于 2020-11-27 18:01:39 | 显示全部楼层
bobosiji 发表于 2020-11-23 17:48
sob老师好,您在 “关于4个mdp文件参数的疑惑,rlist 、rcoulomb 、 rvdw、coulombtype的选择”
http:// ...

只要是凝聚相、均匀致密的盒子,MD一般都用enerpres,但如果力场里明确说不用enerpres就不用,而且如果rvdw较大也不需要用
模拟纳米管里的水这种问题,如果关心的是水的运动行为,enerpres用不用无所谓
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