关于石墨烯表面吸附间苯二酚，结构优化时变形严重问题。

monoyu · 发表于 Post on 2020-2-29 17:28:16

本帖最后由 monoyu 于 2020-2-29 17:36 编辑

采用石墨烯模型模拟碳材料吸附间苯二酚，分别对构建的石墨烯模型和间苯二酚分子进行了结构优化，再将两者组合形成需要优化的吸附体系。
首先将间苯二酚分子与石墨烯进行平行摆放，优化没有出现异常，改变了摆放间距后优化的结果也基本一致。设置如下：
# Task parameters
Calculate                   optimize
Opt_energy_convergence       1.0000e-005
Opt_gradient_convergence    2.0000e-003 A
Opt_displacement_convergence  5.0000e-003 A
Opt_iterations             100
Opt_max_displacement       0.3000 A
Symmetry                   on
Max_memory                   4000
File_usage                   smart
Scf_density_convergence    1.000000e-006
Scf_charge_mixing          2.000000e-001
Scf_diis                   6 pulay
Scf_iterations             100
Preconditioner             4.000000

# Electronic parameters
Spin_polarization          restricted
Charge                      0
Basis                      dnp
Pseudopotential             none
Functional                   pbe
Aux_density                hexadecapole
Dftd                         TS
Integration_grid             fine
Occupation                   thermal 0.0050
Cutoff_Global                3.7000 angstrom
Cosmo                      ibs
COSMO_Dielectric             78.5400    Water
# Kpoint definition file (intervals/offset):
Kpoints                      file    4 4 1 0.0000 0.0000 0.0000
PC-0-GO_Resorcinol-GO_.kpoints

附上优化后结构和结果：

PC-0-GO&Resorcinol-GO# (5).xsd (1017.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

随后将间苯二酚分子与石墨烯进行垂直摆放，优化后出现了结构的扭曲变形，想请教下各位老师是哪里出现了问题？
附上优化后结构和结果：

PC-0-GO&Resorcinol-GO@.xsd (1017.83 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

卡开发发 · 发表于 Post on 2020-2-29 18:55:53

要不然把收敛的曲线的xcd文件截图发上来看看。

monoyu · 发表于 Post on 2020-2-29 20:27:24

卡开发发发表于 2020-2-29 18:55
要不然把收敛的曲线的xcd文件截图发上来看看。

垂直构型（变形严重）Convergence.xcd (36.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

平行构型（优化成功，收敛） Convergence.xcd (16.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)
卡开发发老师，这是两次优化的.xcd文件，您先看下。刚才在论坛内也搜索了一些关于DMol3结构优化的问题，看到您和社长都指出了：用DMol3优化分子构型时，不建议加格子以及use Symmetry。我刚刚把垂直构型的初始结构unbuild crystal，结果很快就收敛了，用时减少了太多。会不会就是这个原因呢？

monoyu · 发表于 Post on 2020-2-29 20:32:26

卡开发发发表于 2020-2-29 18:55
要不然把收敛的曲线的xcd文件截图发上来看看。

平行构型：

垂直构型：

卡开发发 · 发表于 Post on 2020-2-29 21:51:17

本帖最后由卡开发发于 2020-2-29 22:00 编辑

monoyu 发表于 2020-2-29 20:27
卡开发发老师，这是两次优化的.xcd文件，您先看下。刚才在论坛内也搜索了一些关于DMol3结构优化的问 ...

有关系，DMol3算分子根本就没必要去加周期性边界的，可能会引起不必要的虚频。另外你这个体系难收敛大概率可能是对称性的锅。

monoyu · 发表于 Post on 2020-2-29 22:02:42

卡开发发发表于 2020-2-29 21:51
有关系，DMol3算分子根本就没必要去加周期性边界的。

也就是说，从结构优化计算最小能的角度看，我建立的石墨烯加有机分子的体系按照纯分子体系去考虑就可以是吧？

卡开发发 · 发表于 Post on 2020-3-1 07:36:59

monoyu 发表于 2020-2-29 22:02
也就是说，从结构优化计算最小能的角度看，我建立的石墨烯加有机分子的体系按照纯分子体系去考虑就可以是 ...

是的。

monoyu · 发表于 Post on 2020-3-1 10:05:33

卡开发发发表于 2020-3-1 07:36
是的。

好的，我先按您说的多设置些初始构型优化一下看。非常感谢您耐心的解疑。

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