求教力场文件编辑。程序提示缺少LJ-14的types

xjp1127721434 · 发表于 Post on 2020-3-16 22:49:06

采用gromos53a6.ff力场，已经把atomtypes的信息加入到ffnonbonded.itp中了。能量最小化时，提示说缺少LJ-14的types，是itp文件出了问题，但不知道怎么处理。
top文件是用在线的Acpype生成的，之前用GAFF力场的时候，都没有error。希望大家指教一下。

wuzhiyi · 发表于 Post on 2020-3-17 01:01:23

mixing rule射了没有在default里面
atomtypes里的LJ那块贴出来看看

xjp1127721434 · 发表于 Post on 2020-3-17 11:19:07

wuzhiyi 发表于 2020-3-17 01:01
mixing rule射了没有在default里面
atomtypes里的LJ那块贴出来看看

看了下itp文件，LJ那块确实缺失了，谢谢

Das · 发表于 Post on 2020-3-23 15:59:39

xjp1127721434 发表于 2020-3-17 11:19
看了下itp文件，LJ那块确实缺失了，谢谢

我也遇到了类似的问题，请问可以说一下具体解决方法吗？

xjp1127721434 · 发表于 Post on 2020-4-4 16:10:39

Das 发表于 2020-3-23 15:59
我也遇到了类似的问题，请问可以说一下具体解决方法吗？

要用ATB生成top文件和itp文件，才是gromos力场的

Das · 发表于 Post on 2020-4-26 13:20:04

xjp1127721434 发表于 2020-4-4 16:10
要用ATB生成top文件和itp文件，才是gromos力场的

您好，可以发一个可用的top和itp文件吗？我还是不太明白

juddtrump · 发表于 Post on 2020-12-9 17:47:10

您好！请问具体怎么解决的？我用acpype生成的GMX.gro和GMX.top，进行gromacs计算也出现这种情况

Lacrimosa · 发表于 Post on 2020-12-10 13:01:08

Das 发表于 2020-4-26 13:20
您好，可以发一个可用的top和itp文件吗？我还是不太明白

http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html这里有ATB的用法，自己提交分子就可以了

Lacrimosa · 发表于 Post on 2020-12-10 13:05:37

juddtrump 发表于 2020-12-9 17:47
您好！请问具体怎么解决的？我用acpype生成的GMX.gro和GMX.top，进行gromacs计算也出现这种情况

acpype生成的是GAFF力场，不能和gromos混用，可以参考这里http://bbs.keinsci.com/thread-19081-1-1.html

juddtrump · 发表于 Post on 2020-12-11 20:10:15

Lacrimosa 发表于 2020-12-10 13:05
acpype生成的是GAFF力场，不能和gromos混用，可以参考这里http://bbs.keinsci.com/thread-19081-1-1.html

您好！我用ambertool+acpype生成的多糖的GMX.gro和GMX.top不能混用，请问怎么应用gromacs计算多糖？请前辈指导一下

juddtrump · 发表于 Post on 2020-12-15 08:52:49

Lacrimosa 发表于 2020-12-10 13:05
acpype生成的是GAFF力场，不能和gromos混用，可以参考这里http://bbs.keinsci.com/thread-19081-1-1.html

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