data文件获取的问题求助

chittyda · 发表于 Post on 2015-8-29 23:04:23

通过MS建模并优化得到各分子的.pdb文件，然后通过packmol软件创建了初始构型，最后使用VMD的topo命令将之写成了适合lammps的data文件，结果显示其中atoms数量、类型都正确，但bonds类型、angles类型、dihedrals类型及其数量都不对（本来bonds type应该是5种，但此种方法得出结果是1种；此外其他的类型结果都是0，数量也是0），请教下各位是我的方法问题还是这个方法的局限性。如果是方法不对，那是初始分子.pdb文件创建的问题吗？如何解决这个问题？谢谢！

Eming · 发表于 Post on 2015-8-31 16:28:42

本帖最后由 Eming 于 2015-8-31 21:16 编辑

先guess，再输出-----

mol bondsrecalc top
topo retypebonds
topo guessangles
mol reanalyze top

复制代码

如果你只有一种atom type
bondtype等等就难说了，如果你能将pdb转换为带atomtype的格式（例如用babel），例如mol2；或者在vmd里自己assign一下atom type，可能会给出一些bond type，这时候你再用topo分析可能会好很多。pdb格式的信息是有限的。xyz格式是最没有意思的一种格式

chittyda · 发表于 Post on 2015-9-1 04:25:28

Eming 发表于 2015-8-31 16:28
先guess，再输出-----
如果你只有一种atom type
bondtype等等就难说了，如果你能将pdb转换为带atomtype的 ...

非常感谢，问题已经解决！

朱雪刚 · 发表于 Post on 2015-9-12 12:58:29

如果原子有坐标，和序号，不是太麻烦的话可以手动添加。

ruanyang · 发表于 Post on 2015-9-12 18:39:14

请问是如何解决的呢？？能贴出来吗？

chittyda · 发表于 Post on 2015-9-12 21:25:41

ruanyang 发表于 2015-9-12 18:39
请问是如何解决的呢？？能贴出来吗？

虽然我不是按照大侠在回复中的方法解决的，但是我很乐意分享我自己的方法：
（1）首先在ms中产生自己的构型，然后再discover模块中进行部分md，注意添加力场（此时用的力场是cvff）,构型最后export成.car文件，注意此时跟随.car生成的还有.mdf文件
（2）将以上两个文件粘贴到lammps-tools-msi2lmp-src文件夹下，终端输入msi2lmp < data.name即可（注意，提前make msi2lmp）
注意：在ms中形成构型有限（可能材料构型居多），而且ms中力场有限，所以可以使用别的软件直接生成lammps最初的data文件和in文件。

chittyda · 发表于 Post on 2015-9-12 21:28:14

朱雪刚发表于 2015-9-12 12:58
如果原子有坐标，和序号，不是太麻烦的话可以手动添加。

谢谢大侠拔刀相助！

ruanyang · 发表于 Post on 2015-9-13 08:04:40

用msi2lmp生成data文件也算是常用手段，但是有时候也会不生成angle,bond等信息！多谢分享经验

chittyda · 发表于 Post on 2015-9-13 08:29:35

ruanyang 发表于 2015-9-13 08:04
用msi2lmp生成data文件也算是常用手段，但是有时候也会不生成angle,bond等信息！多谢分享经验

个人认为，重点在于要在相应的力场下跑md。像之前把ms中建模分子又导入packmol进行整体建模就更无法输出相应的角、二面角参数了。

teller3531 · 发表于 Post on 2016-1-17 22:22:00

你好，请问怎么make msi2lmp.exe,谢谢了。

lty子于 · 发表于 Post on 2016-1-18 10:59:41

先用guassian 输出一个分子的.pdb文件，其中有成键情况，再用packmol利用guassian生成的一个分子的.pdb建模，然后用moltemplate写入立场文件输出data文件就不会出现楼主这样的情况

atom · 发表于 Post on 2017-1-17 16:56:57

我用的是reax力场，发现lammps自带的reax例子下面的data文件大多数只有atom的数量和类型数目，其余的键角信息之类的都没有，纳闷问下是不是这个力场不需要呀？
还有就是atom坐标信息里面的电荷都是0，这个又是？
有没有做这个力场的同学交流下

diaok · 发表于 Post on 2017-3-20 18:15:07

lty子于发表于 2016-1-18 10:59
先用guassian 输出一个分子的.pdb文件，其中有成键情况，再用packmol利用guassian生成的一个分子的.pdb建模 ...

moltemplate能够直接从一个分子里得到力场信息吗？
比如直接在amber力场，opls力场之间选择

lty子于 · 发表于 Post on 2019-4-24 23:05:10

diaok 发表于 2017-3-20 18:15
moltemplate能够直接从一个分子里得到力场信息吗？
比如直接在amber力场，opls力场之间选择

不可以的

Mikasa · 发表于 Post on 2019-4-25 04:47:15

atom 发表于 2017-1-17 16:56
我用的是reax力场，发现lammps自带的reax例子下面的data文件大多数只有atom的数量和类型数目，其余的键角信 ...

ReaxFF的data文件可以先用Packmol生成pdb文件，再用VMD的topo writelammpsdata命令写出，并且需要指定“charge”这个atomstyle，这个与Lammps的ReaxFF任务的输入文件atom_style charge是一致的。

topo writelammpsdata <filename> charge

复制代码

writelammpsdata <filename> [<atomstyle>]
write atom properties, bond, angle, dihedral and other related data to a LAMMPS data file. 'atomstyle' is the value given to the 'atom_style' parameter.

复制代码

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[Lammps] data文件获取的问题求助

评分 Rate

评分 Rate

评分 Rate

评分 Rate