Guamess-us计算单点能问题

genglj · 发表于 Post on 2020-3-21 19:30:47

各位好，我初学Gamess算单点能，将gaussian同级别算完的fchk文件用multiwfn导出Gamess-us的输入文件，改了些关键词，

计算后提示轨道信息读取有问题，重新用multiwfn导出了几次inp文件，计算时为同样错误，请教各位帮忙看看该如何解决这个错误

inp 与 log 文件见压缩文件

谢谢

zjxitcc · 发表于 Post on 2020-3-21 19:53:51

本帖最后由 zjxitcc 于 2020-3-21 19:58 编辑

你这inp文件里有三处$VEC，只能有1处。你这个“用multiwfn导出了几次inp文件”操作不对啊，只能导一次。先排除自己的操作问题，再看是不是程序bug。
而且最好上传fchk文件，以便程序开发者测试你的问题。

genglj · 发表于 Post on 2020-3-21 20:58:14

zjxitcc 发表于 2020-3-21 19:53
你这inp文件里有三处$VEC，只能有1处。你这个“用multiwfn导出了几次inp文件”操作不对啊，只能导一次。先 ...

谢谢您的回复，用“multiwfn导出了几次..."是我没表达清楚，我是第一次导出后作为Gamess-us的初态发现计算出现轨道读取有误后，为确保multiwfn操作无误重新用fchk导出了Gamess-us的inp。multiwfn操作(主功能100的子功能2的功能11）
现在的输入文件只有1处$VEC后，再次运行后出现同样的轨道信息读取有问题。这次将fchk,inp,log都打包到压缩文件了，麻烦您再帮忙看看会是什么其他问题。谢谢

zjxitcc · 发表于 Post on 2020-3-21 21:09:35

本帖最后由 zjxitcc 于 2020-3-21 21:11 编辑

至少发现2个问题：
（1）这是多核过渡金属，注意先在高斯里检查DFT波函数稳定性，不稳定的话拿来分析是没有意义的；
（2）读取算好的fchk/chk文件，关键词加上6D 10F nosymm guess=read int=nobasistransform geom=allcheck再算一下，GAMESS只支持Cartesian型基函数，而你目前是球谐型（这也是你GAMESS报错的原因）。

genglj · 发表于 Post on 2020-3-22 09:24:00

zjxitcc 发表于 2020-3-21 21:09
至少发现2个问题：
（1）这是多核过渡金属，注意先在高斯里检查DFT波函数稳定性，不稳定的话拿来分析是没 ...

非常感谢您的解答和建议。
按着您的建议用在高斯里用stable关键词检查了波函数是稳定的，读取算好的fchk加了关键词“6D 10F ...”继续算，在Gamess-us计算是改为了Cartesian型基函数后可以正常运行了。
现在Gamess-us运行后SCF不收敛，看起来是能量震荡了，体系用的BPW91/def2tzvp for Co,N,H, 请教您一下这样的情况该怎么处理

zjxitcc · 发表于 Post on 2020-3-22 11:12:03

genglj 发表于 2020-3-22 09:24
非常感谢您的解答和建议。
按着您的建议用在高斯里用stable关键词检查了波函数是稳定的，读取算好的fchk ...

GAMESS默认先使用一个粗糙的格点进行迭代，待稍微收敛后再切换至中等格点。这对你是不必要的，因为你是传轨道进去的，应该直接上目标精度的格点。可以用例如
$DFT SWITCH=1.0 $END
设置阈值很大，这样一开始就会进入目标精度格点。

genglj · 发表于 Post on 2020-3-22 11:43:18

zjxitcc 发表于 2020-3-22 11:12
GAMESS默认先使用一个粗糙的格点进行迭代，待稍微收敛后再切换至中等格点。这对你是不必要的，因为你是传 ...

非常感谢您的解答，按您说的方法，SCF收敛了。
我用这个初猜（包含波函数部分）继续算EDA, 在计算时又遇到了轨道信息读取有误的问题，麻烦您帮忙看看是什么原因导致的

zjxitcc · 发表于 Post on 2020-3-22 11:57:06

genglj 发表于 2020-3-22 11:43
非常感谢您的解答，按您说的方法，SCF收敛了。
我用这个初猜（包含波函数部分）继续算EDA, 在计算时又遇 ...

emm...这是个矛盾。你只算一个单点，它里面就一次SCF计算，你也就提供一个$VEC初猜，所以很好跑。

你要是算EDA，要做四五次SCF计算，每次基函数数目还不一样，比如你这输出文件刚开始跑MONOMER 1 WITH OWN BASIS，那它基函数肯定没有210那么多，只有156个。你却提供了210个基函数的初猜，所以会报错。目前没什么好的解决办法。可先试试看不传轨道，就在GAMESS里跑看看，看能否收敛，或者调整关键词看能否收敛。

genglj · 发表于 Post on 2020-3-23 11:13:13

zjxitcc 发表于 2020-3-22 11:57
emm...这是个矛盾。你只算一个单点，它里面就一次SCF计算，你也就提供一个$VEC初猜，所以很好跑。

你 ...

感谢您的解答，现有两个问题请教您

1. 算EDA时很难收敛，不知继续尝试哪些关键词比较好

2. 用同样的方法在算中性的Co3NH3的单点能时，保证一开始就进入目标精度格点，出现了能量不收敛，这样的情况该怎么调整促使其收敛

zjxitcc · 发表于 Post on 2020-3-23 11:30:53

本帖最后由 zjxitcc 于 2020-3-23 11:34 编辑

genglj 发表于 2020-3-23 11:13
感谢您的解答，现有两个问题请教您

1. 算EDA时很难收敛，不知继续尝试哪些关键词比较好

中性体系那个，虽然你格点关键词写的是对的，但并没有一开始就进入目标格点，你是否轨道传错了？别拿正离子/负离子的轨道来当中性体系的初猜。另外建议上传fchk文件，不然不好分析。
EDA那个，你没传轨道进去，GAMESS初猜很一般，当然不能一下子切换至目标格点，最好用默认步骤（先粗糙再目标格点）。

genglj · 发表于 Post on 2020-3-23 12:08:08

本帖最后由 genglj 于 2020-3-23 14:27 编辑

zjxitcc 发表于 2020-3-23 11:30
中性体系那个，虽然你格点关键词写的是对的，但并没有一开始就进入目标格点，你是否轨道传错了？别拿正离 ...

谢谢您的解答

检查了中性的fchk，不知什么原因无法正常打开，gjf,log,chk,fchk见附件，应该是fchk原因导致轨道信息不正常；
EDA那个我按着您的建议试试去

zjxitcc · 发表于 Post on 2020-3-23 20:38:39

本帖最后由 zjxitcc 于 2020-3-23 20:39 编辑

我看你fchk与inp文件的原子顺序好像不对应啊，是自己搞错了还是？原子顺序必须一一对应，否则你传轨道就不对了。

另外，GAMESS基组最好用高斯自动生成的，在高斯里用关键词punch=gamess nosymm int=nobasistransform，无需手写或从EMSL下载。
PS：我上面回复过加int=nobasistransform，我看你也没加，虽然这个例子里对def2TZVP没什么影响，但保险起见应该加。

我自己也写过传轨道的程序，转换过去挺好的呀，见附件。

Co3NH3-neutral2.rar (579.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

genglj · 发表于 Post on 2020-3-24 09:26:50

zjxitcc 发表于 2020-3-23 20:38
我看你fchk与inp文件的原子顺序好像不对应啊，是自己搞错了还是？原子顺序必须一一对应，否则你传轨道就不 ...

感谢您的耐心解答，之前没意识到原子顺序的问题，现在按着您的建议重新用高斯和Gamess跑了，单点能计算时都可以收敛了。

EDA的计算去掉关键词$DFT SWITCH=1.0 $END，用默认步骤，SCF还是没收敛，请教您看看输入文件是否存在其他问题或者有什么其他方法可以再继续尝试，inp,log文件见附件

zjxitcc · 发表于 Post on 2020-3-25 16:16:20

本帖最后由 zjxitcc 于 2020-3-25 16:37 编辑

genglj 发表于 2020-3-24 09:26
感谢您的耐心解答，之前没意识到原子顺序的问题，现在按着您的建议重新用高斯和Gamess跑了，单点能计算时 ...

没什么好办法，这是程序缺陷（写的不够人性化），LMOEDA这部分不懂得读入多组轨道。
（1）坚持用的话，对着GAMESS手册$SCF和$DFT部分仔细看，有用的关键词一个个试过去；
（2）换泛函或者换其他分解方法，GAMESS还支持Morokuma-Kitaura分解，它还支持读入多组轨道。

genglj · 发表于 Post on 2020-3-25 17:57:19

zjxitcc 发表于 2020-3-25 16:16
没什么好办法，这是程序缺陷（写的不够人性化），LMOEDA这部分不懂得读入多组轨道。
（1）坚持用的话， ...

好的，谢谢您的建议

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