请教：Energy minimization的目的是什么？

yihanxu

老师好，请问进行EM的目的是不是有两个？目的一是消除过大的力，使MD simulation顺利的进行下去。另一个目的在GROMACS的manual里这样描述过“Another reason to perform an energy minimization is the removal of all kinetic energy from the system: if several “snapshots” from dynamic simulations must be compared, energy minimization reduces the thermal noise in the structures and potential energies so that they can be compared better ”。没读懂这句，请问这个目的是什么呢？谢谢！

sobereva

第二个目的就类似于常规的几何优化，如同量子化学里比较两个结构能量之前肯定得先做优化。下文里对构象能量进行筛选之前调用xtb对MD跑出来的帧批量做优化就是这个目的。
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html（http://sobereva.com/532）