ONIOM 核酸如何分高低层？或者谁知道 H2-CT-H1 参数？

cwindy · 发表于 Post on 2020-5-9 12:50:30

本帖最后由 cwindy 于 2020-5-9 13:10 编辑

我按照图片所示划分了 ONIOM 的高低层，但是发现优化时报错如下：

Angle bend undefined between atoms 1 2 3 H2-CT-H1 [H,H,L]

这个应该是用 H1 取代碱基时没有这个键角参数．

这个键角应该和 HC-CT-HC 一样么？我用GAFF构建去除碱基的核糖力场，H2 变成了 H1, 所以 H2-CT-H1 应该和 H1-CT-H1 一样？

sobereva · 发表于 Post on 2020-5-9 23:09:47

输入文件里补充H2-CT-H1参数，就用AMBER力场本身定义了的H1-CT-H1的参数即可。

cwindy · 发表于 Post on 2020-5-10 02:49:51

sobereva 发表于 2020-5-9 23:09
输入文件里补充H2-CT-H1参数，就用AMBER力场本身定义了的H1-CT-H1的参数即可。

最后用的GAFF 中的 H1-CT-H1 参数：

HrmBnd1 H2 CT H1 38.8 108.46

谢谢啦．

cwindy · 发表于 Post on 2020-5-10 06:14:09

Amber Parm99 这个参数是：

H1-CT-H1 35.0 109.50

应该都可以

niobium · 发表于 Post on 2020-5-10 09:31:24

这分子也就100多个原子吧，直接DFT也干得动的

thanhtam · 发表于 Post on 2020-5-10 12:55:51

直接全部DFT多省事

cwindy · 发表于 Post on 2020-5-11 03:15:00

niobium 发表于 2020-5-10 09:31
这分子也就100多个原子吧，直接DFT也干得动的

这是 ONIOM 中的一部分，还有蛋白呢

niobium · 发表于 Post on 2020-5-11 08:29:08

cwindy 发表于 2020-5-11 03:15
这是 ONIOM 中的一部分，还有蛋白呢

酱紫

DoubeeTwT · 发表于 Post on 2020-5-11 16:30:57

用ONIOM分层后常会有这样的错误，一般问题出在低层的原子名错误
这是由于原子名是你Gaussian分层的时候给出的，但你的力场用的是分子力场（gaussian的自动命名一直很玄幻）
你3号原子在图中显示的是一个N但是在你的报错信息里显示的是H1，你试试将gjf文件中3号原子的名字改回N

cwindy · 发表于 Post on 2020-5-12 03:46:35

DoubeeTwT 发表于 2020-5-11 16:30
用ONIOM分层后常会有这样的错误，一般问题出在低层的原子名错误
这是由于原子名是你Gaussian分层的时候给 ...

直接添加缺失的 H2-CT-H1 参数就好啦．H1 其实是高层计算的时候会用H 原子替换被断去低层的部分，所以会出现 H2-CT-H1 参数缺失．

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