分子动力学模拟锌离子的配位数限制问题

poseur · 发表于 Post on 2020-6-12 20:12:16

我做的是锌酶体系，其晶体结构中金属中心原子配位数为四，我用Amber力场跑分子动力学总是得到六配位结构（多了两个水分子），用QM/MM MD方法验证四配位为稳定结构，请问用Amber力场有什么办法能限制住锌离子的配位数么？

mol · 发表于 Post on 2020-6-12 20:13:49

分子力学没办法模拟配位键吧

poseur · 发表于 Post on 2020-6-12 20:23:55

mol 发表于 2020-6-12 20:13
分子力学没办法模拟配位键吧

我模拟的是整个蛋白酶体系，不是模拟配位键，AMBER力场有金属锌的力场参数，但是其在水盒子中里弛豫后的得到的稳定结构好像总是倾向于六配位。

chenjinfeng850 · 发表于 Post on 2020-6-12 20:59:18

poseur 发表于 2020-6-12 20:23
我模拟的是整个蛋白酶体系，不是模拟配位键，AMBER力场有金属锌的力场参数，但是其在水盒子中里弛豫后的 ...

你是用的MCPB.py 建立的Zn的立场参数吗？
Zn上带的正电荷，水中的氧带的是负电荷，在跑MD的时候会吸在一起应该是正常现象。
简单粗暴的办法是你直接把Zn附近的水都删掉。
或者直接QM/MM MD

k64_cc · 发表于 Post on 2020-6-12 21:06:59

Amber力场里离子的intermeoecular interaction都是各向同性的，而且也没特殊tune过，配位数不对也挺正常的。你都跑QM/MM了，就一直跑着吧……

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-12 23:06:05

适当调整键角力场参数之类，以维持MD过程中局部的四配位结构不变。没具体结构图不好说细节。

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-6-13 09:44:27

可以用AMBER里面的MCPB固定配位数，也可以直接用固定配位数的Dummy-atom force field

poseur · 发表于 Post on 2020-6-23 08:46:31

用MCPB.py解决了，谢谢各位

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[Amber] 分子动力学模拟锌离子的配位数限制问题