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[其它程序] 用Ligpargen生成拓扑参数的时候,有无方法避免原子顺序发生改变?

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将分子input.pdb文件提交给Ligpargen,发现输出的output.itp文件中原子顺序发生了变化,虽然Ligpargen也输出了output.pdb文件(与output.itp一致),但是我想把电荷一列替换为RESP电荷,而分子的RESP电荷顺序是基于input.pdb中的,请问有无方法避免Ligpargen重排原子顺序呢?还是说只能基于Ligpargen输出的结构重算RESP电荷?谢谢!

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发表于 Post on 2020-6-22 13:49:58 | 只看该作者 Only view this author
自行用output.pdb作为此脚本的输入文件再算一次RESP电荷就完了
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本(一行命令就算出结果)
http://sobereva.com/476http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html
据我所知没法避免顺序的改变,要么你联系作者。

顺带一提,对于OPLS-AA,最佳选择是1.2*CM5,而非RESP。CM5电荷用Multiwfn可以很容易地得到
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-22 15:00:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-22 13:49
自行用output.pdb作为此脚本的输入文件再算一次RESP电荷就完了
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本(一行命令 ...

感谢Sob老师回复!有个问题想再请教您,我准备用MD模拟溶剂(甲基环己烷)中溶质(约160个原子,含有苯环、长碳链、酰胺基等)的自组装过程。溶质我打算用oplsaa力场,而考虑到体系会很大(~20nm),会有几万个溶剂分子,所以甲基环己烷我打算用gromos54a7的United-atom模型(ATB网上已有这个模型)。您觉得这个参数组合合适么?

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发表于 Post on 2020-6-23 12:55:02 | 只看该作者 Only view this author
jimulation 发表于 2020-6-22 15:00
感谢Sob老师回复!有个问题想再请教您,我准备用MD模拟溶剂(甲基环己烷)中溶质(约160个原子,含有苯环 ...

gromos和OPLS-AA没法混用。都用gromos就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-23 13:44:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-23 12:55
gromos和OPLS-AA没法混用。都用gromos就完了

明白,谢谢Sob老师

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