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[综合交流] 求助:分子动力学模拟后五元环平面结构改变

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各位老师及sob老师好:
        本人模拟了一个含有咪唑环的低聚合物,能量最小化后进行了2ns的NVT,但是发现五元环发生了一些改变,不再满足完美的平面结构。下面是一些侧视图
(蓝色的是氮原子,灰色的是碳原子),另外模拟中有些C-C键由1.532变成了1.633埃,某些180的键角在175左右,不知道这种情况是正常现象吗?

         新手上路,问题有些幼稚,还请大家多多帮助!谢谢大家!













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发表于 Post on 2020-7-15 20:06:17 | 只看该作者 Only view this author
力场参数差点意思。热运动导致适度的波动是正常的,但你的情况键长偏离平衡结构以及平面弯曲程度有点大
不过这不一定意味着模拟的凝聚相属性一定差,毕竟主要决定这些的是分子间相互作用。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-16 09:08:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-15 20:06
力场参数差点意思。热运动导致适度的波动是正常的,但你的情况键长偏离平衡结构以及平面弯曲程度有点大
不 ...

谢谢sob老师,那最好就是重新开发力场吗?我目前用的是文献上的力场参数。

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truffle

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发表于 Post on 2020-7-16 09:32:27 | 只看该作者 Only view this author
北京的大猫 发表于 2020-7-16 09:08
谢谢sob老师,那最好就是重新开发力场吗?我目前用的是文献上的力场参数。

看看其他文献的参数或者用现成的GAFF或OPLS-AA试试,自己开发那就麻烦多了。
No problem is insoluble in all conceivable circumstances.

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-16 10:46:23 | 只看该作者 Only view this author
naoki 发表于 2020-7-16 09:32
看看其他文献的参数或者用现成的GAFF或OPLS-AA试试,自己开发那就麻烦多了。

恩恩,非常感谢您

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