求助MS中草酸根的优化

边锋小奶爸

大佬们，我想问下，为啥我自己优化草酸根就成这个样子了（图1）。但有看文献里他优化就完全不一样（图2及图3测试条件）。我想问下是哪里出错了吗，多谢！

注：文献为-Adsorption behavior of oxalic acid at water–feldspar interface: experiments and molecular simulation

waitingseven

文献里用的应该是Dmol3，草酸根是带电的，你用castep优化出来应该也差不多，应该是电荷没设置对

边锋小奶爸

waitingseven 发表于 2020-8-9 09:54
文献里用的应该是Dmol3，草酸根是带电的，你用castep优化出来应该也差不多，应该是电荷没设置对

您好！我根据草酸根带两个电子，把charge设置为-2运行了一下好像是这样的。非常感谢。还想请教下这种带电的，除了设置charge外还要什么需要修改的吗，多谢。

hxd_yi

盒子太小了，相邻周期内，两个分子至少10埃以上，由于带电，推荐15-20埃。

边锋小奶爸

hxd_yi 发表于 2020-8-9 12:56
盒子太小了，相邻周期内，两个分子至少10埃以上，由于带电，推荐15-20埃。

好的，谢谢大佬

卡开发发

边锋小奶爸 发表于 2020-8-9 15:31
好的，谢谢大佬

非周期性带电体系别用CASTEP做。周期边界条件下处理带电体系需要做相应的修正才能得到合理结果，CASTEP没有任何手段能修正，另外处理分子体系CASTEP要留出足够大的真空区域，而平面波方法计算量和晶格大小有关，所以效率较低。

边锋小奶爸

卡开发发 发表于 2020-8-11 00:04
非周期性带电体系别用CASTEP做。周期边界条件下处理带电体系需要做相应的修正才能得到合理结果，CASTEP没 ...

首先感谢大佬的指点。其次，如果我想用MS软件计算周期性带电体系，即草酸根离子在晶体表面的吸附，按您-“CASTEP没有任何手段能修正带电体系”的说法，那是不是不能使用CASTEP。如果这样，MS中有其他模块能得出较准确的结果吗，dmol3行吗。多谢大佬！

卡开发发

边锋小奶爸 发表于 2020-8-11 13:01
首先感谢大佬的指点。其次，如果我想用MS软件计算周期性带电体系，即草酸根离子在晶体表面的吸附，按您- ...

DMol3要做带电的只能放弃周期性。要么可以考虑加反电荷的离子使得体系电中性，但模型上面怎么处理比较合理应该做些思考。

边锋小奶爸

卡开发发 发表于 2020-8-11 15:21
DMol3要做带电的只能放弃周期性。要么可以考虑加反电荷的离子使得体系电中性，但模型上面怎么处理比较合 ...

好的，谢谢大佬。

边锋小奶爸

卡开发发 发表于 2020-8-11 15:21
DMol3要做带电的只能放弃周期性。要么可以考虑加反电荷的离子使得体系电中性，但模型上面怎么处理比较合 ...

大佬，我再问下。如果放弃周期性的话，能不能先用castep计算出最佳表面原子层的数量，再用选出的层面去做dmol3体系下草酸根离子的吸附。这样做算合理吗。

卡开发发

边锋小奶爸 发表于 2020-8-11 15:41
大佬，我再问下。如果放弃周期性的话，能不能先用castep计算出最佳表面原子层的数量，再用选出的层面去做 ...

CASTEP处理带电也能考虑用反电荷的离子来电中性，这样就可以做了啊。不过表面体系，CASTEP很慢。

边锋小奶爸

卡开发发 发表于 2020-8-11 17:05
CASTEP处理带电也能考虑用反电荷的离子来电中性，这样就可以做了啊。不过表面体系，CASTEP很慢。

好的，谢谢大佬！

边锋小奶爸

卡开发发 发表于 2020-8-11 17:05
CASTEP处理带电也能考虑用反电荷的离子来电中性，这样就可以做了啊。不过表面体系，CASTEP很慢。

大佬，隔这么久还打扰您不好意思。就是关于添加反电荷电子的位置我研究了下，还是不太清楚，可不可以问下您有没有相关文献拿来学习一下，我自己没有找到。多谢。

卡开发发

边锋小奶爸 发表于 2020-8-19 15:18
大佬，隔这么久还打扰您不好意思。就是关于添加反电荷电子的位置我研究了下，还是不太清楚，可不可以问下 ...

不是反电荷电子，是反电荷离子。比如你真实体系用是酸性的，那就很可能是H(+)，如果加入的是盐就可能是Na(+)，K(+)，NH4(+)这些。这样就能维持体系电中性。

边锋小奶爸

卡开发发 发表于 2020-8-19 15:26
不是反电荷电子，是反电荷离子。比如你真实体系用是酸性的，那就很可能是H(+)，如果加入的是盐就可能是Na ...

好的，谢谢大佬，我继续研究研究。