B3LYP-gCP-D3BJ在Gaussian 09中的关键字

stecue · 发表于 Post on 2015-10-29 12:04:32

请问sob推荐的B3LYP-gCP-D3BJ/6-31G* 在G09D.01中有没有直接的关键字啊？D3-BJ修正有EmpiricalDispersion=GD3BJ，但是gCP的BSSE修正似乎就没有查到直接的关键字的了？我想用B3LYP-gCP-D3BJ/6-31G*对一个包含pyrene的体系进行势能面扫描，不知道诸位同仁有什么比较简单的办法么？
多谢先！

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2015-10-29 12:27:35

本帖最后由 liyuanhe211 于 2015-10-30 01:19 编辑

搜。。一。。下。。。

这个计算几乎不需要时间，所以提供了一个在线的计算工具。第一个结果就是。

以及ORCA直接有关键词支持gCP，就是“gcp”

helpme · 发表于 Post on 2015-10-29 12:35:55

看来高斯目前还不能直接算gcp。期待下个版本。

sobereva · 发表于 Post on 2015-10-29 12:44:59

高斯目前不支持，用带弥散的基组就行了，你当前的体系可以用B3LYP-D3(BJ)/6-311+G*，比较划算

stecue · 发表于 Post on 2015-10-29 22:19:27

sobereva 发表于 2015-10-29 12:44
高斯目前不支持，用带弥散的基组就行了，你当前的体系可以用B3LYP-D3(BJ)/6-311+G*，比较划算

了解，多谢多谢！！

stecue · 发表于 Post on 2015-10-30 03:54:52

sobereva 发表于 2015-10-29 12:44
高斯目前不支持，用带弥散的基组就行了，你当前的体系可以用B3LYP-D3(BJ)/6-311+G*，比较划算

对了请教sob君，这个pyrene实际上是一个非标准氨基酸，N端和C端分别用ACE和一个胺cap（不知道怎么翻译，“封闭”？），为什么需要triple zeta而不是6-31+G(d,p)呢？H上的p轨道什么时候需要加上呢？我看到文献里有人用wB97xD/6-31G(d,p)算类似的体系（包含激发态）。

sobereva · 发表于 Post on 2015-10-30 04:45:36

stecue 发表于 2015-10-30 03:54
对了请教sob君，这个pyrene实际上是一个非标准氨基酸，N端和C端分别用ACE和一个胺cap（不知道怎么翻译， ...

我推荐的是6-311+G*，而不是6-311G*。
在6-31G*基础上，加弥散还是加一个zeta，我总是推荐先加一个zeta。这样弱相互作用会改善，其它各方面也都会改善。这里又加了弥散结果更好。
计算量有富裕可以6-311G**。

我不清楚你说的扫描具体是扫描什么。我只看到你又用gCP和D3，貌似对弱相互作用的考察比较敏感。此时6-311+G*或更好的6-311+G**性价比比较高。
描述弱相互作用，若是氢键还好，若是色散明显，6-31G**是绝对不够的，要么多一个zeta要么加一层弥散，我更推荐前者，会带来整体的改进，还比后者更容易收敛。

captain · 发表于 Post on 2015-10-30 07:06:13

弱问一句 gCP 是什么跟counterpoise correction method 不一样吗？

sobereva · 发表于 Post on 2015-10-30 07:16:37

captain 发表于 2015-10-30 07:06
弱问一句 gCP 是什么跟counterpoise correction method 不一样吗？

counterpoise方式校正BSSE多花几倍时间，gCP和DFT-D3一样是免费的，不花代价就能等效考虑BSSE问题，此文有详述：
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214

stecue · 发表于 Post on 2015-10-30 09:23:26

sobereva 发表于 2015-10-30 04:45
我推荐的是6-311+G*，而不是6-311G*。
在6-31G*基础上，加弥散还是加一个zeta，我总是推荐先加一个zet ...

多谢多谢！我是考察两个取代基之间的相互作用。本来这两个取代基应该互不影响的，但是有实验迹象表明这两个取代基之间有一定的吸引而不是自由旋转的，所以我想扫扫势能面看看这两个取代基旋转的势垒是多少。而它们之间又没有可以形成氢键的氢原子。虽然可能是单纯的永久偶极之间的静电吸引，但是色散之类的弱相互作用似乎也不能排除，所以我想尽量弄全了省得以后麻烦。;p

captain · 发表于 Post on 2015-10-30 16:37:22

sobereva 发表于 2015-10-30 07:16
counterpoise方式校正BSSE多花几倍时间，gCP和DFT-D3一样是免费的，不花代价就能等效考虑BSSE问题，此文 ...

明白了谢谢sob!

万卷书万里路 · 发表于 Post on 2016-9-20 21:31:07

sobereva 发表于 2015-10-29 12:44
高斯目前不支持，用带弥散的基组就行了，你当前的体系可以用B3LYP-D3(BJ)/6-311+G*，比较划算

请问老师，一个类似的体系，我是这样写：
# opt B3LYP-D3(BJ)/6-311+G**
为什么总是报错呢，输入文件应该怎样写？

输出文件：
# opt B3LYP-D3(BJ)/6-311+G**
----------------------------
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
# opt B3LYP-D3(BJ)/6-311+G**
'
Last state= "GCL"
TCursr= 3523 LCursr= 12
Error termination via Lnk1e in /share/apps/g09/l1.exe at Tue Sep 20 21:26:52 2016.
谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2016-9-20 23:59:05

万卷书万里路发表于 2016-9-20 21:31
请问老师，一个类似的体系，我是这样写：
# opt B3LYP-D3(BJ)/6-311+G**
为什么总是报错呢，输入文件应 ...

DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210

万卷书万里路 · 发表于 Post on 2016-9-27 09:15:42

sobereva 发表于 2016-9-20 23:59
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210

谢谢sob老师

pcxlm1 · 发表于 Post on 2019-4-25 16:21:50

sob老师，向您请教。我的命令行是#p opt b3lyp/6-311G(d,p) empiricaldispersion=gd3bj geom=conectivity 为什么还是报QPErr --- A syntax error was detected in the input line？？？

我的高斯版本是G09D01。。。

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