求助，亲水头基和第一水层的RMSD。

明园 · 发表于 Post on 2020-10-31 10:58:08

卢老师，我想通过计算看一下表面活性剂头基和第一水层的RMSD。请问老师第一水层应该在index文件里怎么分组。
谢谢老师的帮助，万分感谢。

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-31 18:00:14

这没什么意义，因为水的位置经常变动，一会儿在第一水层一会儿不在，而索引文件里序号是静态的
另外，RMSD在当前语境下也语义不明，没说清楚谁和谁之间的RMSD

明园 · 发表于 Post on 2020-11-1 14:36:45

本帖最后由明园于 2020-11-1 14:39 编辑

sobereva 发表于 2020-10-31 18:00
这没什么意义，因为水的位置经常变动，一会儿在第一水层一会儿不在，而索引文件里序号是静态的
另外，RMSD ...

嗯谢谢卢老师，我明白您的意思，我想定义亲水头基外边的一圈水，比如3nm以内的水的序号，就研究这些水分子。然后加不同的盐，看这一圈水分子是怎么变化的。您看我应该怎么定义？
谢谢卢老师的建议。

sobereva · 发表于 Post on 2020-11-1 17:31:57

明园发表于 2020-11-1 14:36
嗯谢谢卢老师，我明白您的意思，我想定义亲水头基外边的一圈水，比如3nm以内的水的序号，就研究这些水分 ...

我不知道你说的变化具体指什么
如果你是想统计诸如3nm内水的数目随时间变化，那写个VMD脚本很容易就能实现。

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