QE中电荷分布的计算求助

风飞

老师，
         1. 我首先优化了MgAl2O4(111)的结构
         2. 然后对其进行了scf计算，
       请问怎样其计算电荷分布呢？

卡开发发

参考pp.x的手册（plot_num=17）。

风飞

卡开发发 发表于 2020-11-19 22:43
参考pp.x的手册（plot_num=17）。

嗯，好的， 谢谢老师，如下是我参照处理电荷密度写的电荷分布，麻烦您看看是否合适？ 此外，请问用什么工具可以查看这个电荷分布呢？

&INPUTPP
outdir='./tmp/',
prefix='111-A-scf',
plot_num=17,
spin_component=0
/
&PLOT
iflag=3,
output_format=6,
fileout='111-A-charg.cub',
nx=64,ny=64,nz=64
/

卡开发发

风飞 发表于 2020-11-20 09:42
嗯，好的， 谢谢老师，如下是我参照处理电荷密度写的电荷分布，麻烦您看看是否合适？ 此外，请问用什么工 ...

xrysden或者vesta应该都行，cub是否可以你可以看下手册。

风飞

卡开发发 发表于 2020-11-20 17:16
xrysden或者vesta应该都行，cub是否可以你可以看下手册。

老师，您好，我重新写了输入文件，如下：
&INPUTPP
prefix ='111-AW-scf',
outdir='./tmp',
plot_num=17,
filplot='AW-charge'
spin_component=0
/
&PLOT
nfile=1
weight(1)=1.0
iflag=3
weight(1)=1.0
output_format=5
fileout='AW-charge.xsf'
/

得到的输入文件如下：
我使用xcrysden和VESTAT打开，可还是看不到原子电荷，请老师再帮看看，

卡开发发

风飞 发表于 2020-12-7 23:25
老师，您好，我重新写了输入文件，如下：
&INPUTPP
prefix ='111-AW-scf',

我还以为你说的是电子密度
原子电荷可以用projwfc.x做Lowdin电荷，当然pp.x也可以通过上面的密度做AIM电荷（需要借助Bader）。

风飞

卡开发发 发表于 2020-12-7 23:53
我还以为你说的是电子密度
原子电荷可以用projwfc.x做Lowdin电荷，当然pp.x也可以通过上面的密度做AI ...

嗯，好的 谢谢老师，我再去试试

我想研究表面和吸附物质之间的电荷转移，请问用哪种合适呢？
我看到在文章中大多数用的Mulliken charges ， 请问 这三种电荷（Mulliken charges， Lowdin电荷，AIM电荷 ）有什么区别呢？

卡开发发

风飞 发表于 2020-12-8 10:17
嗯，好的 谢谢老师，我再去试试

我想研究表面和吸附物质之间的电荷转移，请问用哪种合适呢？

不会吧，Mulliken大部分情况不咋地。卢老师有文章点评过各个原子电荷，论坛你可以搜索看看。

风飞

卡开发发 发表于 2020-12-8 11:09
不会吧，Mulliken大部分情况不咋地。卢老师有文章点评过各个原子电荷，论坛你可以搜索看看。

嗯，是的，那个帖子我也看了，所以也就有些迷惑了，可能我看的文章是明确标明说使用的是Mulliken charges的，而有些文章并没有标明，只是说转移了多少电子。

老师，刚刚写了如下DOS输入文件，是可以正常运行的
&DOS
    prefix ='111-AW-scf',
    outdir='./tmp',
    fildos='AW_DOS.dos'
    Emin=-9.0, Emax=15.0,
    degauss=0.02,
/

但，我刚刚写了projwfc输入文件，却总是提示说错误：Error in routine do_projwfc (1):  reading projwfc namelist
&PRJWFC
   prefix ='111-AW-scf',
   outdir='./tmp',
   ngauss = 1,
   DeltaE = 0.05,
   Emin=-9.0, Emax=15.0,
   degauss=0.02,
   filpdos='AW_pdos',
   filproj='AW_pdos',
/

输入命令如下：mpirun  -np 38  projwfc.x <AW_pdos.in> AW_pdos.out

请问该怎样改呢？

卡开发发

风飞 发表于 2020-12-8 11:39
嗯，是的，那个帖子我也看了，所以也就有些迷惑了，可能我看的文章是明确标明说使用的是Mulliken charges ...

（1）projwfc

&PRJWFC

，这些还是好好看下例子。
（2）使用Bader和Mulliken的比较多，我认为多数是因为固体计算的程序自身提供或相关的教程比较多。

风飞

卡开发发 发表于 2020-12-8 13:07
（1）projwfc，这些还是好好看下例子。
（2）使用Bader和Mulliken的比较多，我认为多数是因为固体计 ...

， 尴尬   谢谢老师   

嗯，好的， 我正在使用bader来计算电荷  

qzm

风飞 发表于 2020-12-8 13:30
， 尴尬   谢谢老师   

嗯，好的， 我正在使用bader来计算电荷

您好，我也想做一下，电荷转移数，的计算，您能说下具体的步骤吗？我以前用VASP计算用的Bader，不知道Qe的怎么弄

杨凤磊

qzm 发表于 2023-1-20 14:53
您好，我也想做一下，电荷转移数，的计算，您能说下具体的步骤吗？我以前用VASP计算用的Bader，不知道Qe ...

您好，您现在知道用QE怎么算Bader电荷了吗？

ChemG

杨凤磊 发表于 2023-1-31 16:35
您好，您现在知道用QE怎么算Bader电荷了吗？

极其简单的事儿，仔细看bader分析的页面，写的明明白白 http://theory.cm.utexas.edu/henkelman/code/bader/

卡开发发

杨凤磊 发表于 2023-1-31 16:35
您好，您现在知道用QE怎么算Bader电荷了吗？

理论上用Henkelman组的Bader程序配合QE的pp.x就能完成，与VASP的原理无异，即前提为计算使用PAW框架。
1、原理
Bader（AIM）电荷主要产生步骤有两步：
（1）划分原子盆
使用全电子密度，如果使用赝密度会导致产生假核临界点和错误划分。对PAW框架下可以得到冻芯近似下的全电子密度，在VASP中产生AECCAR0和AECCAR2通过chgsum.pl合并得到，在QE中的pp.x直接指定&INPUTPP/plot_num=21进行产生即可。
（2）对原子盆内的电子密度进行积分
使用赝密度进行积分，因为赝密度光滑一些积分噪声较小。对QE来说，pp.x指定&INPUTPP/plot_num=0产生即可。
2、输出格式
所以对于QE而言只要分别通过pp.x产生一个全电子密度和个赝电子密度的格点文件即可，需要注意的是，格点最好足够稠密保证格点数目和计算精度，另外输出格式原则上需要设置&PLOT->output_format=6输出Bader程序支持的cube格式（xsf格式我暂时不确定，可能是不支持）。
3、Bader程序
假定赝密度的格点文件为pschg.cube，全电子密度的格点文件为aechg.cube，1中描述的过程通过bader程序实现如下：

1. bader pschg.cube -ref aechg.cube

复制代码