求问环状多肽适合用gentor进行构象搜索吗？

qinpei8901 · 发表于 Post on 2020-11-19 21:45:04

本帖最后由 qinpei8901 于 2020-11-20 00:25 编辑

各位老师，请问下如图结构的环状多肽是不是不适合用gentor搜索构象，只能用xtb？能不能先用gentor，再用xtb优化？

sobereva · 发表于 Post on 2020-11-20 04:08:47

若要考虑环状区域的可及的构象，就需要跑MD

Daniel_Arndt · 发表于 Post on 2020-11-20 07:22:06

文献中，有的环肽，溶剂从氯仿变成水后，构象就不一样了。如果你只是想粗略地研究一下的话，用xTB里面的功能应该可以；但如果想跟某些实验数据（如REDOR NMR）比较的话，恐怕你就得考虑溶剂效应了。。。。。。

qinpei8901 · 发表于 Post on 2020-11-20 10:09:29

sobereva 发表于 2020-11-20 04:08
若要考虑环状区域的可及的构象，就需要跑MD

谢谢社长，我目的是想算ECD，所以先分析构象，我看过您的Molclus结合xtb做的动力学模拟教程，那我直接用xtb进行MD分析，可以吗？
还有个问题想请教您，就是按照教程上分析，最后得到的已经是自由能最低的两个构象，要是做ECD计算的话，是否还需要再高斯软件中对每个构象进行几何优化，能否直接用TDDFT方法计算激发态？对于这个分子算ECD的话，您还有什么建议吗？第一次做计算，经验不是很足，谢谢。

qinpei8901 · 发表于 Post on 2020-11-20 10:10:43

本帖最后由 qinpei8901 于 2020-11-20 10:24 编辑

Daniel_Arndt 发表于 2020-11-20 07:22
文献中，有的环肽，溶剂从氯仿变成水后，构象就不一样了。如果你只是想粗略地研究一下的话，用xTB里面的功 ...

嗯嗯，谢谢，我是想构象分析后，再进行ECD计算的，那从构象搜索就要考虑溶剂效应了哦？

Daniel_Arndt · 发表于 Post on 2020-11-24 07:32:29

qinpei8901 发表于 2020-11-20 10:10
嗯嗯，谢谢，我是想构象分析后，再进行ECD计算的，那从构象搜索就要考虑溶剂效应了哦？

我觉得这要看你构象搜索之后具体想干嘛了。有些东西，不需要考虑溶剂效应就能解释。

sobereva · 发表于 Post on 2020-11-27 17:11:23

qinpei8901 发表于 2020-11-20 10:09
谢谢社长，我目的是想算ECD，所以先分析构象，我看过您的Molclus结合xtb做的动力学模拟教程，那我直接用x ...

本来molclus的构象搜索过程就已经包含了结构优化，干嘛还额外进行结构优化
直接拿molclus搜出来的几个能量最低构象分别算TDDFT，再根据本文得到构象权重的ECD谱就完了
使用Multiwfn绘制构象权重平均的光谱
http://sobereva.com/383（http://bbs.keinsci.com/thread-6186-1-1.html）

你这个体系不同溶剂下优化出的结构应当差异不大，但溶剂对构象间相对能量影响可能明显

qinpei8901 · 发表于 Post on 2020-11-30 00:31:52

sobereva 发表于 2020-11-27 17:11
本来molclus的构象搜索过程就已经包含了结构优化，干嘛还额外进行结构优化
直接拿molclus搜出来的几个能 ...

嗯嗯，谢谢社长，我也是这么做的，逛了您的各种帖子，受益匪浅。

新时代农民工 · 发表于 Post on 2021-2-24 09:23:31

求问社长拟肽peptoid适合MMFF94立场进行构象搜索么？

sobereva · 发表于 Post on 2021-2-24 12:45:40

新时代农民工发表于 2021-2-24 09:23
求问社长拟肽peptoid适合MMFF94立场进行构象搜索么？

MMFF94力场只适合采样目的，光靠MMFF94做构象搜索是不靠谱的。之后必须结合molclus用DFT做refine

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[Molclus] 求问环状多肽适合用gentor进行构象搜索吗？

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