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[molclus] 求问环状多肽适合用gentor进行构象搜索吗?

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发表于 2020-11-19 21:45:04 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 qinpei8901 于 2020-11-20 00:25 编辑

Y4-1.gif
各位老师,请问下如图结构的环状多肽是不是不适合用gentor搜索构象,只能用xtb?能不能先用gentor,再用xtb优化?

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发表于 2020-11-20 04:08:47 | 显示全部楼层
若要考虑环状区域的可及的构象,就需要跑MD
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发表于 2020-11-20 07:22:06 | 显示全部楼层
文献中,有的环肽,溶剂从氯仿变成水后,构象就不一样了。如果你只是想粗略地研究一下的话,用xTB里面的功能应该可以;但如果想跟某些实验数据(如REDOR NMR)比较的话,恐怕你就得考虑溶剂效应了。。。。。。

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 楼主| 发表于 2020-11-20 10:09:29 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-11-20 04:08
若要考虑环状区域的可及的构象,就需要跑MD

谢谢社长,我目的是想算ECD,所以先分析构象,我看过您的Molclus结合xtb做的动力学模拟教程,那我直接用xtb进行MD分析,可以吗?
还有个问题想请教您,就是按照教程上分析,最后得到的已经是自由能最低的两个构象,要是做ECD计算的话,是否还需要再高斯软件中对每个构象进行几何优化,能否直接用TDDFT方法计算激发态?对于这个分子算ECD的话,您还有什么建议吗?第一次做计算,经验不是很足,谢谢。

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 楼主| 发表于 2020-11-20 10:10:43 | 显示全部楼层
本帖最后由 qinpei8901 于 2020-11-20 10:24 编辑
Daniel_Arndt 发表于 2020-11-20 07:22
文献中,有的环肽,溶剂从氯仿变成水后,构象就不一样了。如果你只是想粗略地研究一下的话,用xTB里面的功 ...

嗯嗯,谢谢,我是想构象分析后,再进行ECD计算的,那从构象搜索就要考虑溶剂效应了哦?

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发表于 2020-11-24 07:32:29 | 显示全部楼层
qinpei8901 发表于 2020-11-20 10:10
嗯嗯,谢谢,我是想构象分析后,再进行ECD计算的,那从构象搜索就要考虑溶剂效应了哦?

我觉得这要看你构象搜索之后具体想干嘛了。有些东西,不需要考虑溶剂效应就能解释。

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发表于 2020-11-27 17:11:23 | 显示全部楼层
qinpei8901 发表于 2020-11-20 10:09
谢谢社长,我目的是想算ECD,所以先分析构象,我看过您的Molclus结合xtb做的动力学模拟教程,那我直接用x ...

本来molclus的构象搜索过程就已经包含了结构优化,干嘛还额外进行结构优化
直接拿molclus搜出来的几个能量最低构象分别算TDDFT,再根据本文得到构象权重的ECD谱就完了
使用Multiwfn绘制构象权重平均的光谱
http://sobereva.com/383http://bbs.keinsci.com/thread-6186-1-1.html

你这个体系不同溶剂下优化出的结构应当差异不大,但溶剂对构象间相对能量影响可能明显
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 楼主| 发表于 2020-11-30 00:31:52 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-11-27 17:11
本来molclus的构象搜索过程就已经包含了结构优化,干嘛还额外进行结构优化
直接拿molclus搜出来的几个能 ...

嗯嗯,谢谢社长,我也是这么做的,逛了您的各种帖子,受益匪浅。

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发表于 2021-2-24 09:23:31 | 显示全部楼层
求问社长拟肽peptoid适合MMFF94立场进行构象搜索么?

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发表于 2021-2-24 12:45:40 | 显示全部楼层
新时代农民工 发表于 2021-2-24 09:23
求问社长拟肽peptoid适合MMFF94立场进行构象搜索么?

MMFF94力场只适合采样目的,光靠MMFF94做构象搜索是不靠谱的。之后必须结合molclus用DFT做refine
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