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[GROMACS] 如何确定CHARMM力场氧化石墨烯中官能团力学参数和电荷?

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请教社长和各位老师,我在做氧化石墨烯时,只在文献里查到了官能团OPLSAA力场的相关参数和电荷,但由于我需要采用CHARMM力场,该如何做呢?

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发表于 Post on 2020-12-14 01:00:31 | 只看该作者 Only view this author
做这个有什么必要基于CHARMM力场?
是我的话,会基于GAFF做,拿Multiwfn算RESP电荷就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-12-22 18:07:49 | 只看该作者 Only view this author
请问同学你氧化石墨烯的拓扑的charmm力场后来如何生成的呢?谢谢啦

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发表于 Post on 2020-12-22 19:07:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-14 01:00
做这个有什么必要基于CHARMM力场?
是我的话,会基于GAFF做,拿Multiwfn算RESP电荷就完了

请教老师一下,Amber和GAFF力场因为原本原子电荷就是用的RESP方法,所以当使用RESP和RESP2电荷的时候会有更好的结果。如果是对于其他力场诸如Charmm36、gromos、opls等,由于LJ参数不同,RESP电荷是否还同样适用就需要进一步测试了吧?
God's in his heaven,all is right with the world

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发表于 Post on 2020-12-23 03:30:32 | 只看该作者 Only view this author
Lacrimosa 发表于 2020-12-22 19:07
请教老师一下,Amber和GAFF力场因为原本原子电荷就是用的RESP方法,所以当使用RESP和RESP2电荷的时候会有 ...

从原子电荷与LJ参数的耦合层面上来看,是这样,涉及到误差抵消问题
但如果光从对静电作用的表现来看,原理上RESP/RESP2电荷是最合理的
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发表于 Post on 2020-12-23 15:12:58 | 只看该作者 Only view this author
gmx石墨烯计算能交流一下吗?QQ:1025656536

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发表于 Post on 2021-3-17 21:08:00 | 只看该作者 Only view this author
你好,请问你有找到氧化石墨烯OPLSAA力场下键,键角和二面角的力常数吗,能够把相关论文分享一下吗,谢谢了!

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发表于 Post on 2021-3-24 10:12:04 | 只看该作者 Only view this author
Murphy163 发表于 2021-3-17 21:08
你好,请问你有找到氧化石墨烯OPLSAA力场下键,键角和二面角的力常数吗,能够把相关论文分享一下吗,谢谢了 ...

10.1016/j.desal.2017.08.013

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