obgmx离线程序及其安装使用简介

tjuptz

在社长推荐的gromacs拓扑生成工具中，用来生成近似UFF力场参数的拓扑的在线工具OBGMX因某些原因已经无法使用了。在一个学术交流群里得知，可以通过邮件向作者索要Linux二进制程序、离线使用，现分享到论坛。因是非开发者分享，所以特别提醒使用该工具的同仁记得在论文中引用：G. Garberoglio. OBGMX: a web-based generator of GROMACS topologies for molecular and periodic systems using the Universal Force Field. J. Comput. Chem. 33 (2012), 2204-2208
http://dx.doi.org/10.1002/jcc.23049


该工具依赖openbabel，http://sobereva.com/440里提供了安装方法。并且根据该文件包内容记载，最好是2.3.2版本。该工具是在Ubuntu下编译，经测试在centos7.6下正常使用。安装方法如下：

1. yum -y install openbabel 2.3.2
   
2. tar -xjf obgmx.tar.bz2
   
3. mkdir /usr/local/ob-gg-232
   
4. mv ./share /usr/local/ob-gg-232

复制代码

记得把share文件夹放到那个路径，之后可以在obgmx文件所在目录通过./obgmx命令获得usage

1. Usage: ./obgmx [options] <filename>
   
2. 
   
3. options:      description:
   
4. 
   
5.   -h          add hydrogens before calculating energy
   
6.   -d          include debug statements
   
7.   -LB         use Lorentz-Berthelot mixing rule [def. geometric]
   
8.   -14 mult    1-4 multiplication parameter [def. 1.0]
   
9.   -H          use harmonic form for angle potential [def. cosine]
   
10.   -G idx      use geometrical data. An OR of:
    
11.               1: bond lengths
    
12.               2: angles
    
13.               4: dihedral

复制代码

简单测试了下，xyz mol2都可以处理的。
obgmx.tar.bz2 (2.87 MB, 下载次数 Times of downloads: 430)

2020-12-26 15:40 上传 Uploaded

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顺便记录一下，如果遇到yum lock问题，可以参照https://my.oschina.net/liting/blog/358501该网页方法解决

sobereva

我已在下文中提及了此帖
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）

IamHK

老师，您好，我按照您的方法成功的安装了obgmx,并生成了分子的拓扑文，但是产生的拓扑文件中有些参数和分子构型不一样，图一是我需要生成top文件的结构图
D:\Desktop\structure1.png
但是产生的top文件中键角和二面角数据都和实际结构有出入

[ angles ]
; G96 (cosine) angles
; found 6 unique angle terms
; [0]    H_     C_3    H_        109.4700  344.8961
; [1]    Si3    C_3    H_        109.4700  413.0617
; [2]    C_3    Si3    C_3       109.4700  521.9070
; [3]    C_3    Si3    O_3_z     109.4700  780.5876
; [4]    O_3_z  Si3    O_3_z     109.4700 1218.5093
; [5]    Si3    O_3_z  Si3       146.0000 1790.3872
3      1      10      2   109.4700   780.5876 ; C_3    Si3    O_3_z type 3
3      1      64      2   109.4700   521.9070 ; C_3    Si3    C_3   type 2
2      1      3       2   109.4700   521.9070 ; C_3    Si3    C_3   type 2
10     1      64      2   109.4700   780.5876 ; O_3_z  Si3    C_3   type 3
2      1      10      2   109.4700   780.5876 ; C_3    Si3    O_3_z type 3
2      1      64      2   109.4700   521.9070 ; C_3    Si3    C_3   type 2
1      2      5       2   109.4700   413.0617 ; Si3    C_3    H_    type 1
1      2      6       2   109.4700   413.0617 ; Si3    C_3    H_    type 1
1      2      4       2   109.4700   413.0617 ; Si3    C_3    H_    type 1
5      2      6       2   109.4700   344.8961 ; H_     C_3    H_    type 0
4      2      5       2   109.4700   344.8961 ; H_     C_3    H_    type 0

键角中，红色部分显示的角度为146，但是优化好结构的角度是154

[ dihedrals ]
; proper torsion terms
; found 2 unique dihedral terms
; [0] Si3    O_3_z  Si3    C_3         2.0000     0.0000    1.0922
; [1] H_     C_3    Si3    O_3_z       3.0000     0.0000    0.3748
28     23     21     22      1     0.0000     0.3748  3 ; H_     C_3    Si3    O_3_z  type 1
28     23     21     20      1     0.0000     0.3748  3 ; H_     C_3    Si3    O_3_z  type 1
28     23     21     24      1     0.0000     0.3748  3 ; H_     C_3    Si3    C_3    type 1
26     23     21     22      1     0.0000     0.3748  3 ; H_     C_3    Si3    O_3_z  type 1
26     23     21     20      1     0.0000     0.3748  3 ; H_     C_3    Si3    O_3_z  type 1
26     23     21     24      1     0.0000     0.3748  3 ; H_     C_3    Si3    C_3    type 1
27     23     21     22      1     0.0000     0.3748  3 ; H_     C_3    Si3    O_3_z  type 1
27     23     21     20      1     0.0000     0.3748  3 ; H_     C_3    Si3    O_3_z  type 1
27     23     21     24      1     0.0000     0.3748  3 ; H_     C_3    Si3    C_3    type 1
34     32     25     22      1     0.0000     0.3748  3 ; H_     C_3    Si3    O_3_z  type 1
34     32     25     40      1     0.0000     0.3748  3 ; H_     C_3    Si3    O_3_z  type 1
34     32     25     33      1     0.0000     0.3748  3 ; H_     C_3    Si3    C_3    type 1
36     32     25     22      1     0.0000     0.3748  3 ; H_     C_3    Si3    O_3_z  type 1

例如top文件中28     23     21     22原子二面角显示为0，但结构图中为56.
没有弄明白为什么出现较大差别，还请老师指教。谢谢！

tjuptz

IamHK 发表于 2021-2-24 20:31
老师，您好，我按照您的方法成功的安装了obgmx,并生成了分子的拓扑文，但是产生的拓扑文件中有些参数和分子 ...

这些参数是uff力场内置的，可能就是不适合你的体系

neocc

请问centos7中yum安装openbabel后，为什么运行obgmx会报错

*** Open Babel Error  in Convert
  input or output stream not set

不过已生成ffout、itp、top文件，openbabel调用失败会影响结构和力场文件的生成么？

tjuptz

你研究一下这个报错代表什么吧，具体我不太清楚你的情况。结构文件用你自己原来的就行，需要检查下itp里的键连

Paco

老师您好，现在OBGMX的离线版安装之后，它的输入文件类型是什么呢？mol2、pdb等结构文件都无法输出

tjuptz

Paco 发表于 2021-4-22 09:26
老师您好，现在OBGMX的离线版安装之后，它的输入文件类型是什么呢？mol2、pdb等结构文件都无法输出

我试过xyz mol2可以，你确保你的openbabel装好了

Paco

tjuptz 发表于 2021-4-22 09:29
我试过xyz mol2可以，你确保你的openbabel装好了

好的，谢谢

xxzj

老师，您好，我在进行obgmx安装时遇到了图片中的问题，输入代码后没有正常进行，想请教一下老师，是哪里出现了问题，我应该采取什么办法进行解决？辛苦老师

tjuptz

xxzj 发表于 2021-6-17 18:08
老师，您好，我在进行obgmx安装时遇到了图片中的问题，输入代码后没有正常进行，想请教一下老师，是哪里出 ...

看起来是压缩包不在这个路径

xxzj

老师，我使用UFF力场获得的itp文件中charge项全都是0，想请问老师，这项的值可以从哪里获取进行添加，谢谢老师啦

tjuptz

xxzj 发表于 2021-6-18 20:32
老师，我使用UFF力场获得的itp文件中charge项全都是0，想请问老师，这项的值可以从哪里获取进行添加，谢谢 ...

如果是分子的话可以用http://sobereva.com/476提到的方法计算RESP电荷，固体的话我不太清楚，可能得用第一性原理的计算然后拟合

xxzj

tjuptz 发表于 2021-6-19 17:28
如果是分子的话可以用http://sobereva.com/476提到的方法计算RESP电荷，固体的话我不太清楚，可能得用第 ...

收到，谢谢老师

xxzj

老师，请问使用该工具如何获得使用UFF力场后的分子结构文件呢，比如pdb, xyz等可以使用gaussview或者VMD打开直接看到结构的那种，因为生成了obgmx.ffout用这些软件无法打开，我想直接进行分子结构的比较，所以想请问老师如何实现？辛苦老师了