用高斯画胸腺嘧啶红外吸收谱求助

太赫了兹 · 发表于 Post on 2021-1-4 21:18:27

各位大佬有没有用Guassian计算过胸腺嘧啶的红外吸收谱啊，文献上在0-10THz的吸收谱和我自己用高斯画出来的完全不一样，
想问问大家我是哪里出问题了，拜托了各位，思考好久了

这是我的输入文本

zjxitcc · 发表于 Post on 2021-1-4 21:21:55

本帖最后由 zjxitcc 于 2021-1-4 21:25 编辑

B3LYP/6-31G的计算是没有意义的，结果如何也不用看。仔细阅读sob老师博文
《谈谈量子化学中基组的选择》http://sobereva.com/336

另外（这不是错误），%nosave, %rwf这些都不用写。geom=conn和底下的连接关系也没用。

snljty · 发表于 Post on 2021-1-4 22:56:17

再补充一下，写=NoRaman也没有意义，只有HF默认Freq会算Raman。总不能把所有不算的都写一遍吧。
然后由于非谐振效应的存在，红外光谱应考虑基频校正因子。看卢老师博文
《谈谈谐振频率校正因子》
http://sobereva.com/221
《基频频率校正因子实际效果测试》
http://sobereva.com/390
既然输入文件贴的图片，我也不手动敲进去一次或者弄什么字符识别去看结构到底长什么样了。也许这篇博文也应该看一下。
《谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”》
http://sobereva.com/413

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-1-5 09:33:45

你贴的输入文件是胞嘧啶吧，title写的也是胞嘧啶（虽然强烈建议用英文单词，不要用拼音，否则一来显得不专业，二来将来如果要和外国人讨论问题，理解会有困难），N原子和O原子的数目好像也是胞嘧啶的

太赫了兹 · 发表于 Post on 2021-1-5 10:27:40

本帖最后由太赫了兹于 2021-1-5 10:39 编辑

wzkchem5 发表于 2021-1-5 09:33
你贴的输入文件是胞嘧啶吧，title写的也是胞嘧啶（虽然强烈建议用英文单词，不要用拼音，否则一来显得不专 ...

应该是胞嘧啶，感谢大佬的指点和分享，我来看一下您分享给我的博文
胞嘧啶我的输入文本如下：大佬方便的话，帮我运行下看看我哪里设置不到位
%rwf=BMDin2.rwf
%nosave
%chk=C:\Users\LKX\Desktop\BMD.chk
# opt freq=noraman b3lyp/6-31g geom=connectivity

baomiding

0 1
C                -4.48259781 0.22412273 0.03003022
N                -3.01600164 0.32599066 0.05631807
C                -2.44418931 1.47828547 -0.01975966
C                -3.30424366 2.74895872 -0.03575486
C                -4.65446480 2.65667929 -0.10022886
N                -5.31856307 1.36852165 -0.37713156
H                -2.83660660 3.71028056 0.00980724
H                -5.24912594 3.53449850 0.04368631
N                -0.97837465 1.57541633 -0.07317284
H                -0.71694704 2.39135588 -0.58882607
H                -0.61434370 1.63755513 0.85613886
O                -5.03332623 -0.86051262 0.35226451
H                -5.48503828 1.30200895 -1.36093137

1 2 1.0 6 1.0 12 2.0
2 3 2.0
3 4 1.0 9 1.0
4 5 2.0 7 1.0
5 6 1.0 8 1.0
6 13 1.0
7
8
9 10 1.0 11 1.0
10
11
12
13

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-5 14:00:22

如果你是和固体的IR实验比，非常低频的吸收往往是由于晶体中分子相对运动造成的，你至少得用团簇模型才能算出来那些模式。比如Vibrational Spectroscopy 100 (2019) 107–116刻意用了个四聚体模型
算团簇的话，你最起码得用B3LYP-D3(BJ)/6-311G**算这个体系，仔细看过前面的人提到的我的博文便知

太赫了兹 · 发表于 Post on 2021-1-5 14:34:17

sobereva 发表于 2021-1-5 14:00
如果你是和固体的IR实验比，非常低频的吸收往往是由于晶体中分子相对运动造成的，你至少得用团簇模型才能算 ...

这样啊，这的确不知道，第一次接触计算化学，感谢哥

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