将小分子插入指定的盒子中，为何小分子的双键没了？

黑择明 · 发表于 Post on 2021-1-6 17:47:10

我从ATB网站上传小分子，得到了优化后的小分子文件（是带有双键的），在GROMACS中输入命令：gmx insert-molecules -ci ZQU8.pdb -nmol 60 -box 10 10 10 -o ZQU8_box.pdb 建立一个带有六十个小分子的10*10*10的盒子，用pymol看小分子的双键就消失了。求问大神，这个问题该怎么解决？

牧生 · 发表于 Post on 2021-1-6 17:51:00

我以前也有这个疑问，见

谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414（http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html）

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-7 00:51:43

不同可视化程序有不同的判断成键形式的规则，这跟你的MD模拟没关系，不需要管这个

黑择明 · 发表于 Post on 2021-1-7 15:28:10

牧生发表于 2021-1-6 17:51
我以前也有这个疑问，见

谈谈原子间是否成键的判断问题

好的，我仔细看看，感谢您的回复！

黑择明 · 发表于 Post on 2021-1-7 15:29:14

sobereva 发表于 2021-1-7 00:51
不同可视化程序有不同的判断成键形式的规则，这跟你的MD模拟没关系，不需要管这个

好的，谢谢sob老师的解答！

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 将小分子插入指定的盒子中，为何小分子的双键没了？