求助：charmm-gui产生的膜蛋白体系如何在gromacs中模拟

zinc · 发表于 Post on 2021-1-29 16:23:29

求助：在CHARMM-GUI网站上使用Membrane Builder制作了一个磷脂双分子膜-蛋白-水体系的pdb文件，这个文件应当如何在gromacs中进行下一步处理并模拟呢？

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-1-29 17:23:38

CHARMM-GUI最后一步会让你选生成哪个软件的输入文件，你选Gromacs，所有的输入文件都做好了，你直接提交作业就行了

zinc · 发表于 Post on 2021-1-29 18:41:13

fhh2626 发表于 2021-1-29 17:23
CHARMM-GUI最后一步会让你选生成哪个软件的输入文件，你选Gromacs，所有的输入文件都做好了，你直接提交作 ...

您好，在charmm-gui的最后一步选择gromacs时，输出的文件似乎不是gromacs中常见的top或者itp或者mdp文件，这个应该怎么处理呢

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-1-30 17:33:38

zinc 发表于 2021-1-29 18:41
您好，在charmm-gui的最后一步选择gromacs时，输出的文件似乎不是gromacs中常见的top或者itp或者mdp文件 ...

就是常见的文件

zhaoshu · 发表于 Post on 2021-5-12 21:15:51

fhh2626 发表于 2021-1-30 17:33
就是常见的文件

请教一下，charmm-gui最后一步选择产生gromacs的文件是已经平衡好了文件还是需要继续在gromacs中进行能量最小化，因为最后产生的文件夹除开有.pdb,.top文件外，还有很多.mdp文件（新手学习，有很多不明白的地方，希望得到回复，谢谢

namd学者 · 发表于 Post on 2021-5-12 22:12:42

zhaoshu 发表于 2021-5-12 21:15
请教一下，charmm-gui最后一步选择产生gromacs的文件是已经平衡好了文件还是需要继续在gromacs中进行能量 ...

你好，我也是这个问题，请问你解决了吗

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-5-12 23:46:42

zhaoshu 发表于 2021-5-12 21:15
请教一下，charmm-gui最后一步选择产生gromacs的文件是已经平衡好了文件还是需要继续在gromacs中进行能量 ...

应该是没有平衡过的

Eva_Winter · 发表于 Post on 2021-5-13 14:40:10

zhaoshu 发表于 2021-5-12 21:15
请教一下，charmm-gui最后一步选择产生gromacs的文件是已经平衡好了文件还是需要继续在gromacs中进行能量 ...

没有平衡的，CHARMM-GUI只是构建模拟的体系，需要后续跑模拟。在gromacs文件夹里面每一步的参数文件都有了。最简单的办法是直接看README文件，里面有详细的一步步的能量最小化、NVT、NPT、MD过程

更简单的，csh README

zhaoshu · 发表于 Post on 2021-5-13 21:53:15

fhh2626 发表于 2021-5-12 23:46
应该是没有平衡过的

嗯嗯非常感谢

zhaoshu · 发表于 Post on 2021-5-13 22:11:07

Eva_Winter 发表于 2021-5-13 14:40
没有平衡的，CHARMM-GUI只是构建模拟的体系，需要后续跑模拟。在gromacs文件夹里面每一步的参数文件都有 ...

十分感谢，还想再问一下句如果是想做细胞膜与其他分子的模拟的话，是应该先把细胞膜平衡后再与小分子模拟还是直接把小分子加到细胞膜的体系直接开始模拟呢？还有就是再想请教一下csh README是直接就会把所有的步骤跑完吗，因为刚刚提交了一下会有图片上的报错。（第一次做这个，可能问题有点过于简单，希望不吝赐教，谢谢

Eva_Winter · 发表于 Post on 2021-5-14 19:02:07

zhaoshu 发表于 2021-5-13 22:11
十分感谢，还想再问一下句如果是想做细胞膜与其他分子的模拟的话，是应该先把细胞膜平衡后再与小分子模拟 ...

1. 你需要先建立小分子和细胞膜的体系。小分子的话需要自己再生成力场文件（charmm-gui好像不行，或者不够准确），然后与磷脂的合在一起，详见社长的帖子http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html

2.理论上csh README是自动一步步运行所有的步骤。你下面报错是说找不到命令里 -s后面的结构文件，后缀为.tpr。不知道是不是你README放的位置和需要调用的文件不在一起。最简单的办法是把所有的命令语句先用#注销，然后从上到下，一步步去掉#，再运行，看看运行哪一句的时候出错。不能就这么盲跑

zhaoshu · 发表于 Post on 2021-5-15 21:52:50

Eva_Winter 发表于 2021-5-14 19:02
1. 你需要先建立小分子和细胞膜的体系。小分子的话需要自己再生成力场文件（charmm-gui好像不行，或者不 ...

嗯嗯谢谢你

头发多多11 · 发表于 Post on 2021-7-29 14:13:07

zhaoshu 发表于 2021-5-13 22:11
十分感谢，还想再问一下句如果是想做细胞膜与其他分子的模拟的话，是应该先把细胞膜平衡后再与小分子模拟 ...

您好，我现在也是需要向膜里插入小分子，构建一个体系，想问一下当时这一步您是怎么操作的

zhaoshu · 发表于 Post on 2021-8-3 15:20:37

头发多多11 发表于 2021-7-29 14:13
您好，我现在也是需要向膜里插入小分子，构建一个体系，想问一下当时这一步您是怎么操作的

我是用vmd的tcl脚本完成的，你可以去看看vmd相关内容，可能还会有其他更好的方法

liupeng · 发表于 Post on 2021-11-15 08:45:50

楼主是怎么申请charmm-gui的？我总被拒绝

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