计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 16982|回复 Reply: 10
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 求助过渡金属配合物的催化反应计算的赝势基组选择

[复制链接 Copy URL]

64

帖子

0

威望

2135

eV
积分
2199

Level 5 (御坂)

学习了sob老师“谈谈赝势基组的选用”http://sobereva.com/373一文,现在我是计算过渡金属配合物的催化反应,有几个问题想请教各位老师:
1、lanl系列赝势基组的带弥散的版本是指的BSE库里的lanl08+和lanl2TZ+吗,但是这两个加弥散的版本只有第四周期过渡金属的,如果后面过渡周期需要加弥散,就没法用lanl系列了吧;
2、我现在计算了一些铬的配合物的催化反应的势垒,我是在PBE0/6-31g**进行opt、freq计算,在PBE0/6-311+g**算更高精度单点,其中铬在opt、freq和高精度单点都是用的SDD,没有加弥散。sob老师另一篇文章说“对于计算反应势垒,加弥散有益”,可能也不是必须加弥散的,那我对铬这样处理是否可以?
3、对于同时计算第四、五、六周期,如果都想用加弥散的赝势基组,cc-pVnZ-PP用在普通dft不划算,def2第四周期仍是全电子基组,lanl系列按照我在问题1中的猜测,只有第四周期过渡金属加弥散的版本,别的元素没有,所以也没法用,那是否就只能用even-tempered方式给SDD加弥散了?
4、对于过渡金属配合物里还有I、Br元素,对过渡金属用SDD,对主族元素用lanl08(d)是否显得奇怪?对于主族元素,SDD里的小核MDF的精度和lanl08(d)相比如何?我为了波函数分析,所以主族要用小核赝势,对过渡金属用SDD,对主族用小核MDF或者lanl08(d),这两种搭配是否都合适?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125204

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2021-3-6 20:10:22 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,避免有任何歧义,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“过渡金属配合物计算的赝势基组选择”改了,以后务必注意。

当前问题和Gaussian没必然关系,不要选择Gaussian/gview分类,给你改了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

64

帖子

0

威望

2135

eV
积分
2199

Level 5 (御坂)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-6 20:13:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-6 20:10
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,避免 ...

好的老师,我会注意的

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125204

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2021-3-6 20:28:13 | 只看该作者 Only view this author
1 是
2 单点如果能用def2-TZVP算得动就用这个。此时加不加弥散对势垒影响甚微。没必要再考虑混合基组
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

64

帖子

0

威望

2135

eV
积分
2199

Level 5 (御坂)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-8 07:57:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-6 20:28
1 是
2 单点如果能用def2-TZVP算得动就用这个。此时加不加弥散对势垒影响甚微。没必要再考虑混合基组

谢谢老师

349

帖子

0

威望

905

eV
积分
1258

Level 4 (黑子)

6#
发表于 Post on 2021-5-27 21:24:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-6 20:28
1 是
2 单点如果能用def2-TZVP算得动就用这个。此时加不加弥散对势垒影响甚微。没必要再考虑混合基组

老师,我使用正常的b3lyp/6-31g*方法计算镍卟啉时,分子呈现扭曲结构,但是给镍加赝势基组后,分子结构却变成平面了,两种方法都全部满足收敛标准,而且没有虚频,所以,想请问老师,我现在应该选择哪种方法计算获得的基态几何构型?

444

帖子

0

威望

2580

eV
积分
3024

Level 5 (御坂)

娃娃儿鱼

7#
发表于 Post on 2021-5-27 22:28:18 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2021-5-27 21:24
老师,我使用正常的b3lyp/6-31g*方法计算镍卟啉时,分子呈现扭曲结构,但是给镍加赝势基组后,分子结构却 ...

卟啉体系如果是大共轭的话用b3lyp并不合适,建议用wB97XD
真·探

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125204

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2021-5-27 22:43:15 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2021-5-27 21:24
老师,我使用正常的b3lyp/6-31g*方法计算镍卟啉时,分子呈现扭曲结构,但是给镍加赝势基组后,分子结构却 ...

不宜用B3LYP
B3LYP既不适合大共轭,而且对于过渡金属配合物也不是好的选择,仔细看
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html

你这种体系可以用MN15
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

1万

帖子

0

威望

9896

eV
积分
22146

Level 6 (一方通行)

9#
发表于 Post on 2021-5-27 22:56:30 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2021-5-27 14:24
老师,我使用正常的b3lyp/6-31g*方法计算镍卟啉时,分子呈现扭曲结构,但是给镍加赝势基组后,分子结构却 ...

补充一句,建议检查一下波函数,这种体系(过渡金属+大共轭配体)容易有不止一个稳定波函数。搞不好并不是赝势的问题,而是两个计算恰好收敛到了两个不同的波函数。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

349

帖子

0

威望

905

eV
积分
1258

Level 4 (黑子)

10#
发表于 Post on 2021-5-28 08:04:49 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-5-27 22:56
补充一句,建议检查一下波函数,这种体系(过渡金属+大共轭配体)容易有不止一个稳定波函数。搞不好并不 ...

好滴,谢谢老师

349

帖子

0

威望

905

eV
积分
1258

Level 4 (黑子)

11#
发表于 Post on 2021-5-28 08:05:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-27 22:43
不宜用B3LYP
B3LYP既不适合大共轭,而且对于过渡金属配合物也不是好的选择,仔细看
谈谈量子化学研究中 ...

好滴,谢谢老师

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-27 02:15 , Processed in 0.165433 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list