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[CP2K] 求助:cp2k利用rdf计算迁移能垒的方法对于gromacs模拟的rdf是否适用?

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请问用cp2k计算出的rdf来计算第一配位层和第二配位层的原子迁移能垒的方法是否对于MD模拟也适用呢?

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发表于 Post on 2021-3-7 23:58:54 | 只看该作者 Only view this author
适用
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发表于 Post on 2023-3-14 21:00:40 | 只看该作者 Only view this author
我也遇到这个问题,请问求得rdf之后如何转化为迁移能垒呢

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发表于 Post on 2023-3-15 14:11:47 | 只看该作者 Only view this author
nianbin 发表于 2023-3-14 21:00
我也遇到这个问题,请问求得rdf之后如何转化为迁移能垒呢

看具体体系,计算rdf并不是算迁移能垒的标准方法
诸如固体表面上的迁移能垒,更多的是通过诸如CI-NEB找过渡态然后算的
靠rdf计算一般是用于液相比较多,诸如熔盐中的阴阳离子对



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发表于 Post on 2023-10-7 19:50:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-15 14:11
看具体体系,计算rdf并不是算迁移能垒的标准方法
诸如固体表面上的迁移能垒,更多的是通过诸如CI-NEB找 ...

卢老师您好,想请教下老师如果想做您在培训班讲授的实例2中的正癸烷热解模拟轨迹的PMF来计算整体反应的自由能垒如何填写VMD中的Radial Pair Distribution Fuction g(r)界面的Selection 1 和 Seclection 2中的内容?谢谢老师
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发表于 Post on 2023-10-10 21:32:42 | 只看该作者 Only view this author
Gzh_NJ 发表于 2023-10-7 19:50
卢老师您好,想请教下老师如果想做您在培训班讲授的实例2中的正癸烷热解模拟轨迹的PMF来计算整体反应的自 ...

基于常规MD轨迹算的rdf折算成PMF仅限于特定情况,对当前问题不适用
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发表于 Post on 2023-10-11 08:01:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-10 21:32
基于常规MD轨迹算的rdf折算成PMF仅限于特定情况,对当前问题不适用

谢谢卢老师,请教下老师热解过程的整体反应的自由能垒有办法考察吗?感谢老师
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发表于 Post on 2023-10-11 10:59:51 | 只看该作者 Only view this author
Gzh_NJ 发表于 2023-10-11 08:01
谢谢卢老师,请教下老师热解过程的整体反应的自由能垒有办法考察吗?感谢老师

用metadynamics之类方法
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发表于 Post on 2023-10-11 18:31:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-11 10:59
用metadynamics之类方法

谢谢卢老师,我研究下
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