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[新手求助] 模拟复合吸附剂吸附重金属,复合吸附剂该如何建模?

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楼主
各位老师,想请教一下我想用Gaussian模拟,由三个物质合成的吸附剂A/B/C,吸附重金属的过程,对于这个吸附物质该怎么建模呢(之前有光谱学信息,知道发生反应的基团)。我想了两种思路:1.单独优化ABC三个物质,再相互靠近,再做优化,2.直接根据基团信息,生成最终的复合吸附机,再做优化


万分感谢!

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发表于 Post on 2021-3-16 00:04:41 | 只看该作者 Only view this author
A/B/C是有机物还是无机物?
三者发生反应形成的是共价键、离子键、配位键还是其他?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2021-3-16 06:09:47 | 只看该作者 Only view this author
说得太抽象,把具体什么物质说清楚,至少说明什么类型
给出的信息越充分,别人的回答才可能越对你有帮助、越有针对性
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-16 12:18:44 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-3-16 00:04
A/B/C是有机物还是无机物?
三者发生反应形成的是共价键、离子键、配位键还是其他?

是聚偕胺肟/氧化石墨烯/壳聚糖的聚合物
氧化石墨烯和壳聚糖之间应该是共价键,然后丙烯腈在氧化石墨烯/壳聚糖表面发生原位聚合得到聚偕胺肟/氧化石墨烯/壳聚糖
我现在分别优化好了聚偕胺肟、氧化石墨烯、壳聚糖三个物质,接下来就没有思路了
谢谢老师,不是化学出身底子有点薄

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-16 12:22:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-16 06:09
说得太抽象,把具体什么物质说清楚,至少说明什么类型
给出的信息越充分,别人的回答才可能越对你有帮助、 ...

好的老师,我是模拟师兄实验合成的一个材料聚偕胺肟/氧化石墨烯/壳聚糖,最后想模拟吸附铀
现在已经分别优化好了聚偕胺肟、氧化石墨烯、壳聚糖三个物质
关键词是:# opt freq cc-pvdz scrf=(smd,solvent=h2o) em=gd3bj pbe1pbe
后面不太知道如何把三者联系在一起
谢谢老师

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truffle

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发表于 Post on 2021-3-16 12:44:08 | 只看该作者 Only view this author
是不是吸附铀酰啊,这个体系要我的话就MD模拟吸附
No problem is insoluble in all conceivable circumstances.

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-16 20:57:03 | 只看该作者 Only view this author
naoki 发表于 2021-3-16 12:44
是不是吸附铀酰啊,这个体系要我的话就MD模拟吸附

是的,但我看很多文件都是用高斯算的

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发表于 Post on 2021-3-16 21:04:47 | 只看该作者 Only view this author
zfy524 发表于 2021-3-16 20:57
是的,但我看很多文件都是用高斯算的

确实是,我是觉得偕胺肟吸附铀酰的机理已经比较明确了。聚偕胺肟和GO和壳聚糖放在一起的话,可以放显式溶剂跑下MD看看吸附位点,然后从跑完MD的结构里取感兴趣的位点,再用量化去分析,这样也能给你个好的初始结构。
No problem is insoluble in all conceivable circumstances.

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-16 21:46:21 | 只看该作者 Only view this author
naoki 发表于 2021-3-16 21:04
确实是,我是觉得偕胺肟吸附铀酰的机理已经比较明确了。聚偕胺肟和GO和壳聚糖放在一起的话,可以放显式溶 ...

谢谢您的建议,才接触这个领域,没有用过MD的方法,但是也看过很多二者结合的

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喵星人

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发表于 Post on 2021-3-16 23:05:29 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 喵星大佬 于 2021-3-17 00:20 编辑
zfy524 发表于 2021-3-16 12:22
好的老师,我是模拟师兄实验合成的一个材料聚偕胺肟/氧化石墨烯/壳聚糖,最后想模拟吸附铀
现在已经分别 ...

1. 要用“#p”,不要用“# ”

否则很多报错信息都不显示

2.在opt和freq的任务时不要用smd溶剂模型,很容易有虚频

3.水溶液下一定要充分考虑显式水

4.对于PBE0来说cc-pVDZ不是很划算,而且cc-pVDZ只有H-Ar, Ca-Kr的定义

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-16 23:21:52 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2021-3-16 23:05
1. 要用“#p”,不要用“# ”

否则很多报错信息都不显示

谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-1 18:33:14 | 只看该作者 Only view this author
naoki 发表于 2021-3-16 21:04
确实是,我是觉得偕胺肟吸附铀酰的机理已经比较明确了。聚偕胺肟和GO和壳聚糖放在一起的话,可以放显式溶 ...

老师我想再请教您一下显示水模型是指人为的添加水分子吗?
看见吸附铀酰的文章有用五水合铀酰 [UO2(H2O)5]2+,这算是显示水模型吗

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