Gromacs进行能量最小化提示错误，

芮啦

各位老师好，我定义了9个尺寸皆为4x4x4nm的立方体盒子，在每个盒子的中心放置适配体-铅离子，按照文献用CHARMM27立场，TIP3P水模型溶解，在我进行到能量最小化时提示了以下错误信息：
Fatal error:
There are inconsistent shifts over periodic boundaries in a molecule type
consisting of 523 atoms. The longest distance involved in such interactions is
17.886 nm which is above half the box length. Either you have excessively
large distances between atoms in bonded interactions or your system is exploding.
通过查阅论坛中的资料，看到有老师提示说是因为gro文件和top文件中的分子顺序不对应。但是我的这两个文件中的分子顺序皆为DNA、PB、SOL、NA 。所以在此请教各位老师，恳请大家提出一点建议。
我的相关文件添加在了附件中，由于t_ions.gro文件较大，所以进行了压缩。

sobereva

干嘛要跑九个
把一个跑成功了再说

芮啦

sobereva 发表于 2021-4-1 16:45
干嘛要跑九个
把一个跑成功了再说

谢谢sob老师，我今天下午尝试了先用一个盒子的情况，是成功的

sobereva

貌似原子顺序有问题
诸如你显示一下within 10 of resname DG，会看到很多氢都是零散出现的。怀疑你在合并的时候把原子顺序搞错了。TIP3P应当先出现OW再出现HW1、HW2，而你的gro文件不是这样

芮啦

sobereva 发表于 2021-4-2 03:35
貌似原子顺序有问题
诸如你显示一下within 10 of resname DG，会看到很多氢都是零散出现的。怀疑你在合并 ...

谢谢sob老师，我的gro文件中OW、HW1、HW2的顺序是下面这样：
28SOL     OW 4717   0.746   1.240   1.817
28SOL    HW1 4718   0.600   1.192   1.762
28SOL    HW2 4719   0.335   1.435   1.061
29SOL     OW 4720   0.257   1.404   1.008
29SOL    HW1 4721   0.393   1.493   1.004
29SOL    HW2 4722   1.460   1.505   1.339
请问老师是要OW排在一起，HW1排在一起，HW2排在一起，然后按照OW，HW1，HW2的顺序排列吗。想请教一下老师怎样排布这个顺序。
还要麻烦老师一下的是，我今天在对一个盒子进行能量最小化的时候发现昨天的操作并没有成功，系统提示了以下错误信息：
step 15: One or more water molecules can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
Wrote pdb files with previous and current coordinates
我想关于往系统中溶水的操作中出了问题，烦请老师提点一下，谢谢老师

zaqxs234

我遇到了相同的报错，后面我尝试把我体系的真空层加大，报错就没有了，动力学也正常运行