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本帖最后由 karme 于 2021-4-7 20:14 编辑
请教一下各位老师！！！
我在进行蛋白与小分子对接后，将小分子提取出来，单独处理，用cgenff生成拓扑，但是其parampenalty= 59.400 ; charge penalty= 27.625；
上面说介于10到50之间的值表示必须对拓扑进行一些验证，而大于50的惩罚通常需要手动重新参数化。
1.这应该怎么进行优化？
2.当我改变小分子构象的时候（甚至用了pubchem的原始小分子），再重新提交给cgenff生成拓扑时，我发现罚分根本不变，还是parampenalty= 59.400 ; charge penalty= 27.625。这原因是什么呢？
Guess bond orders from connectivity
Include parameters that are already in CGenFF
Use CGenFF legacy v1.0
3.当我对上面三个选项分别单独进行选定，发现罚分还是不变？
感谢！
str.txt
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ros_fix.mol2
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发表于 Post on 2021-4-7 20:10:04
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