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[GROMACS] 求助:gmx solvate 用的spc216,可以替换成tip3p吗?

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sob老师您好:
        我的体系本身用的水为tip3,目录里水的拓扑结构只有TIP3.itp,现在需要gromacs进行溶剂化再插入一些水分子,但其好像只能用spc216.gro生成SOL。



      

        所以想请问一下,我把topol.top里的SOL替换成TIP3,生成的gro文件里的OW/HW1/HW2替换成OH2/H1/H2,然后使用原有的TIP3.itp,这样可行吗?或者将TIP3.itp文件里内容,譬如OH2/H1/H2相反的替换成OW/HW1/HW2?

        如果不行的话,有直接spc216.itp的文件可以提供吗?或者我可以在哪里获取到呢?非常感谢您!

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发表于 Post on 2021-4-11 02:14:34 | 只看该作者 Only view this author
所有三点水模型一律用spc216.gro填充盒子
不存在也不需要所谓的spc216.itp
你也不用管原子名是否一样,只需要原子顺序一样就行了,所有三点水模型都是 氧 氢 氢 的顺序。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-11 16:32:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-11 02:14
所有三点水模型一律用spc216.gro填充盒子
不存在也不需要所谓的spc216.itp
你也不用管原子名是否一样,只 ...

噢噢好的,谢谢您的解答

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发表于 Post on 2022-9-20 13:44:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-11 02:14
所有三点水模型一律用spc216.gro填充盒子
不存在也不需要所谓的spc216.itp
你也不用管原子名是否一样,只 ...

老师,那使用packmoL在盒子里自己填充数千个水分子,用于gmx模拟的话,也可以用立场自带的spce.itp吗。还是说,如果使用力场自带的itp,就必须用gmx填充spc216.gro。
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发表于 Post on 2022-9-21 22:44:05 | 只看该作者 Only view this author
JCenter 发表于 2022-9-20 13:44
老师,那使用packmoL在盒子里自己填充数千个水分子,用于gmx模拟的话,也可以用立场自带的spce.itp吗。还 ...

只要结构文件里水分子内的顺序是 O H H就可以
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发表于 Post on 2022-9-26 19:41:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-21 22:44
只要结构文件里水分子内的顺序是 O H H就可以

谢谢sob老师解答学生的疑惑
目前专攻:
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基于过渡态理论的自由能垒和反应速率常数计算
基于MD模拟的交联聚合物计算

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发表于 Post on 2023-7-11 14:15:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-11 02:14
所有三点水模型一律用spc216.gro填充盒子
不存在也不需要所谓的spc216.itp
你也不用管原子名是否一样,只 ...

请问老师,四点水用什么文件填充盒子?

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发表于 Post on 2023-7-11 14:21:54 | 只看该作者 Only view this author
霍元甲 发表于 2023-7-11 14:15
请问老师,四点水用什么文件填充盒子?

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